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--Júnior D. Eskelsen, (discussão) 15h30min de 6 de setembro de 2015 (EDT)




Definição da Teoria do Design Inteligente

Uma teoria científica que defende que certas características do universo e dos seres vivos são melhor explicadas por uma causa inteligente ao invés de processo não-direcionado como a seleção natural. (DISCOVERY INSTITUTE)


== Campos de Estudo ==

Biomatemática


Ensino do Design Inteligente


Filosofia da biologia

BEHE (1998) neste estudo leva a sério a afirmação de Darwin de que "se pudesse ser demonstrado que existiu algum órgão complexo que não poderia ter sido formado por numerosas, sucessivas e ligeiras modificações, minha teoria seria absolutamente quebrada". O autor discute as razões por não aceitar a explicação comum para o desenvolvimento da vida. Segundo ele, o gradualismo é um requisito para a teoria de Darwin, mas certos sistemas bioquímicos são irredutivelmente complexos e não podem ser formados, argumenta-se, de uma forma gradual. Behe fornece uma teoria para substituir as explicações darwinianas comuns de que sugere a presença de um agente inteligente projetando. Neste artigo ele define três concepções do termo "evolução": 1. mudança ao longo do tempo; 2. a descendência comum; e 3. seleção natural darwiniana.

DEMBSKI (1998) argumenta que avanços nas ciências da informação forneceram uma base teórica para detectar a ação prévia de um agente inteligente. Começando da observação do senso comum que nós fazemos inferências o tempo todo sobre o design, Dembski mostra que nós o fazemos com base em critérios claros. Em seguida, ele mostra como esses critérios, a complexidade e especificação, indicam de forma confiável uma ação inteligente. Ele dá uma reconstrução racional de um método pelo qual os agentes racionais decidem entre os tipos de correntes de explicação, aqueles baseados em oportunidade, necessidade físico-química, ou o design inteligente. Desde que ele afirmou que nós podemos detectar design em função de critérios objetivos, Dembski também defende a legitimidade científica de inferências para o design inteligente.

MEYER (1998) apresenta uma hipótese de design, não como uma explicação para a origem das espécies, mas como uma explicação para a origem da informação necessária para fazer um sistema vivo, em primeiro lugar. Considerando que o darwinismo e neodarwinismo abordam a primeira questão, as teorias da evolução química têm abordado a última questão da origem da vida. Este ensaio vai argumentar contra a adequação causal de teorias da evolução química que tem se baseado em "possibilidade", "necessidade", ou a combinação de ambos. Em vez disso, irá sugerir design como a melhor explicação para a origem da informação presente em grandes macromoléculas biológicas, tais como DNA, RNA e proteínas.

MEYER (2004) em seu artigo teórico defendeu o DI ao afirmar que nenhuma teoria materialista atual da evolução (Neodarwinismo, Modelos de auto-organização, Equilíbrio pontuado e Estruturalismo) é suficiente para explicar a origem da informação necessária para construir novas formas animais presentes na explosão cambriana. Meyer argumenta que a explosão cambriana representou um aparecimento súbito de taxonomia superior (filo); segundo ele, estes táxons são reais e não um artefato de classificação retrospectiva humanas. Dessa forma, ao argumentar que a explosão cambriana não poderia ter ocorrido através de processos naturais, ele propõe a DI como uma explicação alternativa para a origem da informação biológica e maiores categorias taxonômicas. Segundo ele, a informação especificada e complexa baseada em linguagem contida no DNA é exatamente o tipo de código ou linguagem que “invariavelmente se origina de uma fonte inteligente, de uma mente, de um agente pessoal”. Os proponentes do Design vêm a incrível quantidade de informação complexa e especificada codificada baseada na linguagem no DNA testificando que um programador esteve envolvido na origem da vida.

COSANS (2005) diz que ao longo da escrita de A Origem das Espécies, Darwin contrasta sua teoria da seleção natural com a teoria de que Deus criou de forma independente cada espécie. Isso faz parecer que o livro oferece uma alternativa científica para uma visão de mundo teológico. Poucos meses após a Origem aparecer, no entanto, o anatomista eminente Richard Owen publicou uma revisão que apontou os pressupostos teológicos da teoria de Darwin. Owen trabalhou na tradição da morfologia racional, dentro do qual se pode sugerir que a evolução ocorre por meio de processos que são contínuos com aqueles pelos quais a vida surge da matéria; em contraste, Darwin pausou o relato das origens da vida na noção de que Deus criou uma ou algumas formas de vida sobre a qual a seleção natural pudesse agir. Owen argumentou que a dependência de Darwin sobre Deus para explicar a origem da vida faz com que a sua versão de evolução não menos sobrenatural do que o criacionista especial que Darwin critica: embora Darwin limita a Deus para um ou alguns atos de criação, ele ainda depende de Deus para explicar a existência da vida.

ABEL (2009) neste artigo de revisão procura abordar a questão: "Se toda a vida conhecida depende de instruções genéticas, como foi a primeira informação genética prescritiva digital linear gerada por processo natural?" O autor adverte materialistas que existe uma solução simples para os desafios propostos pelo design inteligente: "Para conter a crescente onda de invasões do Design Inteligente, é necessário que nós forneçamos evidências do processo natural autônomo de auto-organização não-trivial à beira do caos. “Temos de demonstrar em bases científicas sólidas as capacidades formais de ocorrência natural da psicodinâmica”. No entanto, enquanto o autor observa que muito esforço foi gasto, “argumentando com a comunidade leiga que nós temos provado o paradigma biológico atual", ele conclui que a evidência atual de auto-organização é "falha" e foi "inflado". O autor enfatiza a distinção entre a "ordem" e "organização", argumentando que as estruturas auto ordenadas, como banheiras de hidromassagem são facilmente construídas por processos naturais, mas "nunca observou-se que elas atinjam 1) programação, 2) suspensão computacional, 3) engenharia criativa, 4) os sistemas de símbolos, 5) de linguagem, ou 6) organização genuína" - todas as características de organismos vivos. Em contraste, os organismos vivos são construídos sobre a programação e são altamente organizados, mas a psicodinâmica sozinha não pode organizar-se em sistemas formalmente funcionais exigindo otimização algorítmica, parada computacional, e integração de circuitos". Sua solução oferece um argumento positivo para o projeto: "Não existe um processo natural conhecido que espontaneamente escreve o significado ou a sintaxe funcional. Somente os agentes têm a capacidade de escrever o significado ou sintaxe pragmática”. Ele observa que o tipo de "função formal sofisticada" encontrado na vida "consistentemente exige regulação e controle", mas "controle sempre emana de escolha de contingência e intencionalidade, não de caos molecular espontâneo".

THORVALDSEN e ØHRSTRØM (2013) dizem que, muitos supõem que Charles Darwin absolutamente rejeitava qualquer alegação de design inteligente na natureza. No entanto, a avaliação de seus escritos iniciais revela que Darwin aceitou alguns aspectos desse ponto de vista. Sua conceituação do projeto foi fundada em ambas as ideias cosmológicas e teleológicas da teologia natural clássica. Quando Darwin descobriu o processo dinâmico de seleção natural, ele rejeitou o velho argumento teleológico como formulada por William Paley. No entanto, ele nunca foi capaz de ignorar a forte experiência da beleza e complexidade de um universo de design inteligente, como um todo. Ele se correspondeu com Asa Gray sobre temas religiosos, particularmente tocando o problema da dor e do design inteligente na natureza. O termo "design inteligente" foi provavelmente introduzido por William Whewell. Principalmente por razões teológicas e filosóficas, Darwin só poderia aceitar o conceito para o universo como um todo, e não no que diz respeito a elementos individuais do mundo dos vivos.


Astrobiologia/Cosmologia

POLLARD (1984), um físico nuclear, publicou o primeiro estudo científico pró-ID. Ele observou que a cosmologia do Big Bang necessitaria de algum tipo de realidade transcendente para dar início ao universo. O autor argumenta que a justificação científica para este domínio transcendente pode ser encontrada na mecânica quântica, porque as leis e constantes universais são afinadas para permitir a existência de vida avançada. Pollard chama a atenção para várias dessas sugestões de um mundo real, além da ordem natural. São exemplos os estados representados por funções complexas no espaço de configuração da mecânica quântica, a singularidade no nascimento do universo, o princípio antrópico, o papel do acaso na evolução, e a fecundidade inexplicável da matemática para a física. Esses exemplos sugerem um domínio da realidade externa que é muito rico que o mundo natural. Isso aponta para uma mente inteligente, um Designer por ter projetado o universo.

TIPLER (2003) observa que as explicações teleológicas são possibilidades vivas dentro da física. Tipler também alega que o universo está configurado para permitir a existência de vida, e que o universo parece guiado por um objetivo final, e inerente a isto. A implicação, como Tipler escreve, é que a evolução da vida tem sido orientada por esse objetivo, ao invés de ser totalmente aleatória. Para tanto, ele utiliza três argumentos que propõe que a vida inteligente é muito rara no universo. Em primeiro lugar, ele resume a opinião consensual dos fundadores da síntese moderna (Simpson, Dobzhanski e Mayr) que a evolução da vida inteligente é extremamente improvável. Em segundo lugar, ele tenta desenvolver o paradoxo de Fermi: se eles existissem, eles estariam aqui. Em terceiro lugar, ele mostra que se a vida inteligente fosse muito comum, ela iria usar todos os recursos disponíveis, e morreria. Mas, em seguida, o autor mostra que o princípio da mecânica quântica da unitarity (uma espécie de teleologia) exige que haja vida inteligente para sobreviver até o fim do tempo. Por fim, ele argumenta que, se o universo está realmente acelerando (com base na física do Big Bang), então a sobrevivência para o fim do tempo exige que a vida inteligente, embora rara, tenha evoluído diversas vezes no universo visível. Ele também contraria a crença no Big-Ban, argumentando que a aceleração é uma consequência do excesso de matéria sobre a antimatéria no universo.

KOONIN (2007) admite que a origem química natural da vida é altamente improvável, se houver apenas um universo finito. Para melhor explicar isso, o autor fornece um ‘modelo de brinquedo’ acerca do limite superior da probabilidade do surgimento de um sistema de replicação e tradução acoplado em um O-região (‘O-região’ significa um universo observável, tal como o que vivemos). O modelo em si não tem a intenção de ser realista  é por isso que ele o chama de um modelo de brinquedo  mas faz algumas suposições sobre a disponibilidade de RNA na Terra primordial. Ele escreve: “O mundo RNA enfrenta seus próprios problemas difíceis como a replicação do RNA catalisado por ribozyme continua a ser uma hipótese e as pressões seletivas por trás da origem da tradução permanecem misteriosas" (p.1). Para o autor, até mesmo uma forma de vida muito básica − um sistema de replicação e tradução acoplado  exigiria, no mínimo, a formação de dois rRNAs com um tamanho total de pelo menos 1000 nucleotídeos, 10 adaptadores primitivos de cerca de 30 nucleotídeos cada um, e um RNA que codifica uma replicase com cerca de 500 nucleotídeos. Em outras palavras, mesmo neste modelo de brinquedo que assume uma taxa deliberadamente inflada da produção de RNA, a probabilidade de que uma replicação e tradução acoplada surgissem por acaso em uma única O-região é P <10 ^-1018. Para fugir das implicações teístas de seus cálculos, Dr. Koonin postula um multiverso – ou seja, um universo infinito como uma ‘solução’ alternativa que, é repleta de falhas. Para o autor, nesse modelo cosmológico proposto haveria chances infinitas para toda a complexidade da vida surgir de uma só forma. A premissa de Koonin é que, "em contraste com os modelos cosmológicos tradicionais de um único universo finito, essa visão de mundo, prevê a origem de um número infinito de sistemas complexos por acaso, mesmo quando a probabilidade de complexidade emergente em qualquer região do multiverso é extremamente baixa" (p.1). Entretanto, pesquisa científica já reconheceu que a hipótese do multiverso é infalsificável e ‘não é ciência’ (BRUMFIEL, 2006).

AIJJAS, STEINHARDT e LOEB (2013) questionam a teoria cosmológica da inflação, que postula que o universo passou por um período de expansão extremamente rápida logo após o Big Bang, e que tem vindo a expandir a um ritmo mais lento desde então. Em uma linguagem técnica, na cosmologia física, a inflação cosmológica é a expansão exponencial extremamente rápida do início do universo por um fator de pelo menos 1078 em termos de volume, impulsionado por uma densidade de energia do vácuo com pressão negativa. Para refutar essa visão inflacionária do universo, eles usaram dados do satélite Planck, um observatório espacial operado pela Agência Espacial Europeia, que mostraram com alta precisão que nós vivemos em um universo extremamente simples, e com simples modelos inflacionários (contrariando o paradigma inflacionário da evolução). Os autores dão apoio ao argumento de fine-tuning (“ajuste fino” do universo), que afirma que as constantes físicas, as condições iniciais e as leis do universo foram projetadas por uma mente inteligente. Esta conclusão decorre, naturalmente, se assumirmos que o Designer Inteligente do cosmos queria não só fazer um universo que é hospitaleiro para os seres inteligentes como nós, mas também para enviar um sinal claro da sua existência a esses seres inteligentes.


Ciências cognitivas/Neurociências/Filosofia da mente

Os evolucionistas têm agido de forma a tentar derrubar o conceito de “mente” e “consciência”. De forma sutil, eles já decretaram a morte da mente. Nas últimas décadas é que as neurociências, as ciências cognitivas e a filosofia da mente assumiram sua orientação naturalista, a muito já implícita. Aos poucos foram se substituindo o conceito de “mente” pelo de “cérebro”. Os materialistas acreditam que a mente não existe como uma entidade separada; é meramente um estado do cérebro, causada exclusivamente por neurônios e neuroquímica. No entanto, um novo campo científico pró-ID tem chamado a atenção: a “neurociência não materialista”. Nele, pesquisadores como Denyse O’Leary e Mario Beauregard, autores do livro ‘The Spiritual Brain: A Neuroscientist’s Case for the Existence of the Soul’ publicado em 2007 argumentam que “a mente existe e usa o cérebro, mas não é a mesma coisa que o cérebro”. O campo da neurociência não materialista aponta evidências para uma mente imaterial e separada do corpo, mas que ao mesmo tempo é capaz de controlá-lo através da dinâmica eletroquímica de seu cérebro, e usar as informações angariadas pelos sistemas sensoriais disponíveis. A mudança voluntária de atenção de um sujeito provoca mudanças no estado de ativação cerebral detectável através de um sistema de neuro-imageamento. Beauregard aponta que seus resultados evidenciam o fato de que estados e conteúdos mentais comprovadamente afetam estados cerebrais, as mentes não podem estar totalmente instanciadas no cérebro, nem nas relações deste com o ambiente e nem em nenhum lugar de nosso mundo físico. Neste ano de 2015 será lançada a revista científica de acesso aberto Neuroscience of Consciousness que apoiará este campo.

BEAUREGARD e PAQUETTE (2006) realizaram um estudo de imagem por ressonância magnética funcional (fMRI) com o objetivo de identificar os correlatos neurais da experiência mística. Os autores queriam saber o que estava acontecendo no cérebro durante os episódios espirituais, místicos ou religiosos por causa de suas próprias experiências pessoais. Foram recrutadas 15 freiras de mosteiros carmelitas e pediu-lhes para reviver plenamente o momento mais místico em suas vidas. A atividade cerebral das freiras foi medida enquanto estavam subjetivamente em estado de comunhão com Deus. Os pesquisadores descobriram uma coleção de áreas do cérebro que estavam mais ativadas durante a experiência mística. O núcleo caudado, por exemplo, o que está associado a sentimentos positivos como felicidade e bem-aventurança, apareceu mais ativado durante as memórias místicas. A equipe também observou atividade nas regiões que se acredita integrar sensações físicas do resto do corpo, o que talvez explique a percepção de que as freiras tinham se tornado um com Deus e seus arredores. Eles também encontraram um aumento em certos tipos de atividade elétrica associados com o sono profundo e meditação. Também se descobriu ativação no córtex temporal. Estes resultados sugerem que as experiências místicas são mediadas por diversas regiões cerebrais e sistemas.

TRENT-VON HAESLER e BEAUREGARD (2013) afirmam que experiências de quase morte (EQM) são experiências vívidas, realísticas, que frequentemente promovem mudanças profundas na vida de pessoas que estiveram fisiológica ou psicologicamente próximas da morte. As EQM por vezes ocorrem durante uma parada cardíaca, na ausência de atividade cerebral detectável. Diante disso, os autores objetivaram revisar os estudos prospectivos de EQM induzidas por paradas cardíacas e examinar as implicações desses estudos para o conceito de mente não local (imaterial). Para tanto, PubMed foi a principal base de dados utilizada para esta revisão. Os termos-chave da busca incluíram "parada cardíaca", "experiências de quase morte", "fisiologia da experiência de quase morte" e "experiências fora do corpo verídicas". Os autores relatam que vários estudos prospectivos mostram incidência média de 10% a 20% de EQM induzidas por paradas cardíacas, independentemente de aspectos sociodemográficos, sexo, religião ou quaisquer parâmetros médicos, fisiológicos ou farmacológicos consistentes. Pessoas que passaram por EQM são mais propensas a mudanças de vida positivas que podem durar muitos anos após a experiência do que aquelas que não a tiveram. Eles concluem que as teorias fisicalistas (materialistas) da mente não são capazes de explicar como pessoas que tiveram EQM podem vivenciar - enquanto seus corações estão parados e sua atividade cerebral aparentemente ausente - pensamentos vívidos e complexos e adquirir informações verídicas a respeito de objetos ou eventos distantes de seus corpos. As EQM em paradas cardíacas sugerem que a mente é não local, isto é, não é gerada pelo cérebro e não está confinada a ele ou ao corpo.

RADIN et al. (2013) vem estudando a consciência há vários anos usando vários tipos de sistemas ópticos. Essa linha de pesquisa da mecânica quântica sugere que existe uma consciência, e que ela pode desempenhar um papel fundamental na forma como o mundo físico se manifesta. Isso não significa que a consciência humana, literalmente, "cria" a realidade, mas ela sugere que há mais consciência do que está implícito hoje nos livros didáticos de neurociência. Para este estudo, que investiga a possibilidade de interação mente-matéria, os autores utilizaram o método de sistemas ópticos de dupla fenda. Para os autores, o ato de observar um objeto cotidiano, influencia as propriedades deste objeto. Objetos quânticos são extremamente reativos ao ato de observação; esta sensibilidade pode ser facilmente visto, sempre que um objeto quântico é medido. A medida faz com que o comportamento das ondas quânticas mude o comportamento das partículas. A interpretação controversa deste efeito de que a própria consciência é responsável por "colapsar" a função de onda quântica foi proposta pelo matemático John von Neumann e apoiado por outros eminentes físicos. Os autores salientam que foram realizados três experimentos: dois envolvendo sistemas ópticos de dupla fenda que as pessoas tentaram influenciar mentalmente em seu laboratório, e um envolvendo um teste semelhante realizado on-line. Todos os três experimentos mostraram resultados consistentes com a proposta de von Neumann e com as suas pesquisas anteriores.

BEAUREGARD (2014) refere que o materialismo científico ainda é influente em certas esferas acadêmicas. Neste artigo, o autor examina várias linhas de evidência empírica mostrando que esta ideologia, enquanto parcialmente verdadeira, é lamentavelmente incompleta e, portanto, obsoleta. Esta evidência indica que os humanos não podem ser reduzidos a impotentes máquinas biofísicas, uma vez que a psique influencia fortemente a atividade do cérebro e do corpo, e pode operar telosomaticamente. Com base nessas evidências, o autor apresenta a Teoria da Psychelementarity (ainda sem tradução) e apresenta algumas previsões. Esta teoria propõe que a psique desempenha um papel primordial na forma como o universo funciona, o equivalente a matéria, energia e espaço-tempo. Outra premissa central dessa teoria é que a psique não pode ser reduzida a processos físicos ou a uma posição reducionista (ou seja, tudo o que é ou pode ser reduzido a partículas físicas ou forças). A teoria é responsável por uma série de fenômenos psicofísicos bem estudados, que são reinterpretadas à luz de uma perspectiva pós-materialista. Esta teoria também é responsável por fenômenos anômalos que estão atualmente rejeitados pelos materialistas.


Genética

SALISBURY (1971), biólogo evolucionista, não muito depois de o funcionamento do código genético ter sido descoberto pela primeira vez, explica que a hipótese mais promissora para a origem da primeira vida é chamada de ‘mundo do RNA’. Essa ideia propõe que as primeiras moléculas de RNA teriam de surgir por processos químicos não biológicos e sem controle. A fim de evoluir para a vida baseada em DNA e proteínas que existem hoje, o mundo do RNA precisaria desenvolver a capacidade de converter informações genéticas em proteínas. Diante disso, Salisbury afirmou que este sistema não poderia existir, a menos que tanto a informação genética quanto o mecanismo de transcrição/tradução estivessem presentes ao mesmo tempo, e que ambos falassem a mesma língua. A seguir a sua citação: “É interessante falar sobre moléculas de DNA replicantes provenientes de um mar-sopa, mas nas células modernas essa replicação requer a presença de enzimas adequadas […] A ligação entre o DNA e a enzima é altamente complexa, envolvendo RNA e enzima para a sua síntese em um modelo de DNA; ribossomos; enzimas para ativar os aminoácidos; e moléculas de RNA de transferência […] Como, na ausência da enzima final, a seleção poderia agir sobre o DNA e todos os mecanismos para replicá-lo? É como se tudo devesse acontecer ao mesmo tempo: todo o sistema deve vir a existir como uma unidade, ou ele é inútil. Pode muito bem existir maneiras de sair deste dilema, mas eu não as vejo no momento”.

LONNIG e SAEDLER (2002) resumem argumentos contra o conceito de evolução gradual de Darwin citando os anti-darwinistas alemães Otto Heinrich Schindewolf (1896-1971) e Richard Goldschmidt (1878-1958), e eles também citam de forma positiva os teóricos do design Michael Behe e William Dembski, reconhecendo que alguns sistemas biológicos são irredutivelmente complexos. Mas, voltemos na História para melhor compreensão. Há algumas décadas atrás, os evolucionistas acreditavam que todos os genes trabalhavam a partir de uma posição estável ao longo de um cromossomo. Mas, a pesquisadora Barbara McClintock, em 1950, mostrou que alguns genes realmente se moviam, e quebrou esse paradigma cientifico, o que lhe proporcionou o Prêmio Nobel de Medicina. Estes genes, chamados de elementos de transposição ou transpósons, foram encontrados em grande número em praticamente todos os organismos estudados. Embora se saiba hoje que transpósons têm desempenhado um papel fundamental na evolução do ser humano, antes eram considerados simplesmente pedaços de DNA sem nenhuma função. Diante disso, os autores analisam o papel dos transpósons na origem abrupta de novas espécies, e discutem a possibilidade de "uma geração parcialmente predeterminada de biodiversidade e novas espécies", as quais eles caracterizam como um processo "autônomo e não dirigido pela seleção". Mas, o que é um transpóson? É uma sequência de ácido desoxirribonucleico capaz de se movimentar de uma região para outra em um genoma de uma célula. Devido ao seu carácter dinâmico, os transpósons têm uma enorme influência na evolução, e indução de complexos rearranjos cromossômicos em combinações com mutações genéticas em genomas de plantas e animais. A possibilidade de se inserirem dentro de genes do próprio organismo pode causar diversas doenças, bem como ser fonte de nova informação genética.

ANZAI et al. (2003), em um estudo experimental da área de imunogenética, analisaram o complexo principal de histocompatibilidade (MHC, em inglês) que é uma grande região genômica ou família de genes encontrada na maioria dos vertebrados. É a região mais densa de genes do genoma dos mamíferos e possui importante papel no sistema imune, autoimunidade e no sucesso reprodutivo. Os autores pretenderam comparar as regiões do MHC de humanos e chimpanzés. Para tanto, eles sequenciaram um total de 1.870.955 pb da região HLA do genoma humano. Embora o trabalho confirme que a análise dessa região demonstrou a existência de um elevado grau de similaridade de sequência entre as duas espécies, esta identidade de sequência de 98,6% cai para apenas 86,7% levando em conta as múltiplas inserções/deleções espalhadas em toda a região estudada.

CONSÓRCIO DE SEQUENCIAMENTO E ANÁLISE DO CHIMPANZÉ (2005) realizou um estudo em que apresentaram a sequência completo do projeto genoma do chimpanzé comum Pan troglodytes. A filogenia evolutiva padrão dos primatas sustenta que os seres humanos e os chimpanzés estão mais estreitamente relacionados um com o outro do que para outros grandes macacos, como gorilas. Diante disso, o sequenciamento do genoma trouxe surpresas à comunidade científica. Os autores observaram que cerca de 30% do genoma do gorila contradiz a filogenia primata padrão. Em outras palavras, esses 30 por cento do genoma do gorila esteve mais estreitamente relacionados ao ser humano ou ao chimpanzé, do que esses últimos estavam entre si. Mais especificamente, 15% dos genes humanos se parecem mais com a versão do gorila do que a versão do chimpanzé, e nos outros 15% são os chimpanzés e gorilas que estão mais próximos. Como sempre, eles tentaram explicar por que centenas de milhões de pares de bases no genoma do gorila contradizem a filogenia padrão. A explicação que surgiu baseou-se na “triagem incompleta de linhagens” que diz respeito ao cruzamento entre as populações de chimpanzés, humanos e gorilas após as divisões iniciais destas espécies causaram genes diferentes para se fixar em diferentes linhagens em diferentes momentos. Outra hipótese que não consideraram é que o genoma do gorila confirmou que não há uma história consistente de ancestralidade comum vinda dos genomas dos grandes macacos e seres humanos. Foram centenas de milhões de pares de bases do conflito relativo ao genoma do gorila com a suposta filogenia dos grandes macacos e seres humanos. Eles podem pensar que sua explicação salva a ancestralidade comum, mas é evidente que os dados do genoma do gorila não favorecem essa “doce suposição”.

GLAZKO et al. (2005) em vez de compararem a similaridade da sequencia de DNA entre humanos e macacos, eles realizaram um estudo de sequenciamento direto para comparar o produto final do genoma expresso, ou seja, as proteínas, que são principalmente responsáveis pelas diferenças fenotípicas entre seres vivos. Eles encontraram que cerca de 80% de proteínas são diferentes entre as duas espécies. Os autores ressaltam que, ainda assim, o número de proteínas responsáveis pelas diferenças fenotípicas pode ser menor, já que nem todos os genes são diretamente responsáveis por características fenotípicas.

WELLS (2005) refere que a maioria das células animais contém um par de centríolos, minúsculas organelas como turbinas orientadas perpendicularmente um ao outro que se reproduzem a cada divisão celular. No entanto, a função e comportamento dos centríolos permanecem misteriosa. Uma vez que todos os centríolos parecem ser igualmente complexos, não há intermediários evolutivos plausíveis com a qual construir filogenia; e uma vez que os centríolos não contêm DNA, eles têm atraído pouca atenção dos biólogos neodarwinistas que pensam que o DNA é o segredo da vida. Do ponto de vista do DI, os centríolos podem não ter intermediários evolutivos, pois eles apresentam complexidade irredutivel. E eles não necessitam de DNA porque eles carregam uma outra forma de informação biológica, que é independente das mutações genéticas invocados pelos neodarwinistas. Neste trabalho, Wells assume que centríolos parecem ser projetados para funcionar como minúsculas turbinas, em vez de ser acidental subprodutos da evolução darwiniana. Em seguida, ele formula uma hipótese testável sobre a função do centríolo e o comportamento que - se corroborado por um experimento pode ter implicações importantes para a nossa compreensão da divisão celular e câncer. Wells torna, assim, um caso para o DI, mostrando seu forte valor heurístico na biologia. Ou seja, ele usa a teoria do design inteligente para fazer novas descobertas em biologia.

DEMUTH et al. (2006) explicam que os seres humanos e chimpanzés têm cerca de 22.000 genes cada um. Diante disso, os autores descobriram 1.418 duplicações gênicas que um ou o outro não possui. Por exemplo, os humanos possuem 15 membros de uma família de genes do cérebro associadas ao autismo, chamada família centaurin-gama, enquanto que os chimpanzés têm seis, por uma diferença de nove cópias do gene. Os autores estimaram que os seres humanos adquiriram 689 novas duplicações de genes e 86 deleções. Assim, por meio dessas comparações do DNA entre humano e chimpanzé, eles encontraram que os humanos e chimpanzés diferem em 6,4% em sequencias do DNA (1.418 de 22.000 genes) que está em contraste gritante com o famoso mito da diferença de 1,5% entre as sequências de nucleotídeos ortólogos das espécies.

COHEN (2007) afirmou que a noção popular de que os seres humanos e os chimpanzés são geneticamente semelhantes em 99% é um mito, e deve ser descartado. No estudo, Cohen cita um grande número de cientistas evolucionistas que admitem que o percentual não pode ser assim tão pequeno (1%), e provavelmente não pode ser quantificado. Cohen explica que o mito de 1% foi sim corroborado por estudos científicos desde 1975, e hoje todos tomam como dado que as duas espécies são semelhantes em 99% tomando como base a análise do DNA. Mas verdade seja dita, a imprecisão da estatística era conhecida desde o início desses estudos, afirma o autor.

LYNCH (2007a) afirma que, embora numerosos investigadores assumam que as características globais de vias genéticas são moldadas por seleção natural, “não há nenhuma evidência empírica ou teórica convincente de que a complexidade, a modularidade, a redundância ou outras características de vias genéticas sejam promovidas pela seleção natural”. De acordo com Lynch, “muitos aspectos da complexidade em nível genômico, celular e molecular nas espécies multicelulares parecem dever suas origens a essas forças não adaptativas, representando pouco mais do que resultados passivos”. Esta análise mostra que muitas das características qualitativas de conhecidas vias de transcrição podem surgir facilmente através de processos não adaptativos de deriva genética, mutação e recombinação, levantando questões sobre se a seleção natural é necessária ou até mesmo suficiente para a origem de muitos aspectos da complexidade em nível genômico.

LYNCH (2007b), apesar de ser um evolucionista, ele faz críticas à seleção natural darwinista. Ele diz que a deriva genética tende a prevalecer sobre a força da seleção natural e a impedir que as adaptações ganhem lugar numa população. Diante disso, o autor é cético quanto à capacidade da seleção natural de conduzir o processo evolutivo. Ele observa que o efeito da deriva genética é “estimular a fixação de mutações deletérias fracas e desestimular a promoção de mutações benéficas”. Em outras palavras, Lynch não acredita que a seleção natural esteja à altura da tarefa. Ele explica também que entre biólogos evolucionistas, “o que está em questão é se a seleção natural é uma força necessária ou suficiente para explicar o surgimento das características celulares e genômicas centrais para a construção de organismos complexos”. Lynch acrescenta que a seleção natural é normalmente retratada como um “mecanismo todo-poderoso (sem qualquer prova direta)”, que pode construir características biológicas complexas. Ele alerta que “o mito de que toda a evolução possa ser explicada por adaptação, continua a ser perpetuado por causa da nossa reverência contínua ao tratado de Darwin na literatura popular”.

SHAPIRO (2007) vem substituindo a "seleção natural" por "engenharia genética natural." Ele discorda de Jacques Monod sobre o acaso - mutação aleatória - como sendo a máquina de toda a variação. Ele discorda da carta escrita pelos 38 laureados com o Nobel, mas encabeçada por Wiesel explicando que a evolução "é compreendida como sendo o resultado de um processo não guiado, não planejado de variação randômica e seleção natural". Shapiro está dizendo que a mudança evolutiva não é feita pela "mutação aleatória e a seleção natural", mas antes por "reorganizações genômicas amplas não aleatórias resultando em novas arquiteturas do sistema genômico" com "as células participando ativamente na engenharia de seu DNA". Para ele, a célula é uma entidade autônoma inteligente que tem a capacidade, como engenheiros humanos, de se envolver em tomadas de decisão. Há três décadas sua pesquisa tem analisado como que os elementos genéticos móveis reorganizam o genoma bacteriano e como os circuitos de controle celular regulam as atividades desses sistemas de engenharia genética natural. Além disso, ele pesquisa os processos de auto-organização multicelular quando as populações bacterianas se tornam colônias.

Shapiro afirma que as bactérias possuem muitas capacidades cognitivas, computacionais e evolutivos inimagináveis. Análise de processos celulares, tais como o metabolismo, regulação da síntese proteica, e reparo do DNA estabeleceu que as bactérias monitoram continuamente seus ambientes externos e internos e calculam saídas funcionais com base nas informações fornecidas pelo seu aparato sensorial. Estudos de recombinação genética, lisogenia, a resistência aos antibióticos e meu próprio trabalho sobre elementos transponíveis revelou vários sistemas bacterianos muito difundidos para a mobilização e engenharia de moléculas de DNA. Para o autor, a exame do desenvolvimento da colônia e organização levou-o a apreciar o quão extensa colaboração multicelular está entre a maioria das espécies bacterianas. Pesquisas contemporâneas em muitos laboratórios de sinalização célula-célula, simbiose e patogênese mostram que as bactérias utilizam mecanismos sofisticados para a comunicação intercelular e ainda tem a capacidade de comandar a biologia celular básica de plantas "superiores" e animais para atender suas próprias necessidades. Esta notável série de observações nos obriga a rever as ideias básicas sobre processamento de informação biológica e reconhecer que mesmo as menores células são seres sencientes.

BEHE (2009), nesta carta ao editor, exerce o direito de resposta a um artigo publicado no ano de 2008, cujo objetivo era expor suas supostas falhas acerca dos limites matemáticos para a evolução darwiniana publicadas no ano de 2007 em seu livro “The Edge of Evolution". Para uma melhor compreensão analisemos o que dizia o livro de Behe. Neste livro, baseando-se em estudos de saúde pública sobre a malária, Behe observou que um novo aparecimento de resistência à cloroquina em parasitas da malária foi um evento de probabilidade de 1 em 1020 (para o cálculo, ele utilizou uma estatística empírica da literatura). Assim, a probabilidade de ocorrer em seres humanos uma dupla mutação simultânea por acaso é de 1 para 10 bilhões (esse é o tempo extrapolado que seriam necessários para produzir 1020 humanos). Isso exigiria mais organismos e gerações do que os que estiveram disponíveis ao longo de toda a história da Terra. Quando múltiplas mutações devem estar presentes simultaneamente para haver ganho de uma vantagem funcional, a evolução darwiniana fica limitada. Diante disso, em 2008, numa tentativa falha de expor supostas falhas nos argumentos de Behe, os biólogos Rick Durrett and Deena Schmidt acabaram confirmando a contragosto que ele estava basicamente correto. Para tanto, eles usaram uma estimativa teórica a partir de um modelo de genética populacional (método não adequado) para calcular a probabilidade de duas mutações simultâneas ocorrer por evolução darwiniana em uma população de seres humanos. Assim, eles descobriram que um evento como esse levaria 216 milhões de anos. Tendo em vista que os humanos divergiram de seu suposto ancestral comum com os chimpanzés há apenas 6 milhões de anos, eles reconheceram que tais mutações são “muito pouco prováveis de acontecer em uma escala razoável de tempo” (DURRETT e SCHMIDT, 2008, p.1507).

LYNCH (2010), nesta pesquisa, sugere que a taxa de deterioração genética humana é tão alta devido a mutações que estão se acumulando tão rapidamente que a seleção natural não poderia detê-las. O autor afirma que essa é uma questão de interesse do ponto de vista da saúde humana, pois a quantificação dos riscos revela que as mutações são uma importante fonte de mortalidade humana. Dessa forma, as evidências sugerem que o darwinismo está errado! Se a seleção natural não pode deter a deterioração do genoma humano, como, então, poderia atuar o mecanismo para a melhoria evolutiva? Sanford já havia previsto há algum tempo a deterioração do genoma devido à mutações hereditárias de uma geração para a próxima através de sua pesquisa (SANFORD, 2005). Esta foi uma previsão científica ousada, e agora Michael Lynch a confirmou. Para Lynch, a taxa de mutação deletéria no genoma humano é tão alta que é impossível não chegar à “conclusão de que a diminuição da capacidade devido a uma mutação recorrente por geração é pelo menos 1% em seres humanos e, possivelmente, tão elevado quanto 5%” (p.966). Os resultados de Lynch são corroborados por estudos anteriores que encontraram uma herdabilidade de cerca de 60 e 100 mutações a cada geração, respectivamente (PENNISI, 2010; KONDRASHOV, 2003). Diante disso, o autor conclui que “as consequências em longo prazo do comportamento humano atual de acumulação de mutações deletérias levam à conclusão de que uma redução substancial na aptidão humana pode ser esperada para os próximos séculos em sociedades industrializadas, a menos que sejam desenvolvidos novos meios de intervenção genética” (p.961). Saber o número de novas mutações que surgem a cada geração pode ajudar no rastreamento das novas doenças que elas podem causar. Além disso, estes dados estabelecem limites razoáveis para a duração total da humanidade na Terra. Esses limites são incompatíveis com o modelo de ‘milhões de anos’, mas eles se encaixam bem em milhares de anos. De qualquer forma, as evidências sugerem que o genoma humano seja muito jovem.

HUGHES et al. (2010), apesar de revelarem neste estudo uma maior proximidade entre humanos e neandertais, mostraram também uma maior distância genética entre os humanos e os chimpanzés, desconstruindo o “mito de 1%”, na interpretação evolutiva, em relação à diferença em números de genes entre humanos e macacos. Os autores constataram que o cromossomo Y em humanos e chimpanzés "diferem radicalmente na estrutura, sequência e conteúdo do gene", mostrando "divergência extraordinária", onde "renovação em conjunto é o tema mais importante”. De acordo com os resultados, o cromossomo Y do chimpanzé tem apenas três terços dos vários genes distintos ou família de genes do cromossomo Y humano, e apenas 47% dos elementos de codificação de proteínas encontrados nos humanos. Além disso, o autor mostrou uma diferença de mais de 30% entre os cromossomo Y do chimpanzé e de humanos, sendo que o mesmo só se verifica em 2% do genoma restante. É claro que os autores evolucionistas atribuem isto a uma rápida evolução durante os últimos 6 milhões de anos, quando possivelmente as duas espécies divergiram.

BOZORGMEHR (2011), neste artigo, desafia o modelo de divergência e duplicação gênica padrão neodarwinista sobre a origem da novidade evolutiva. O artigo de revisão tenta determinar a existência e a extensão de qualquer informação nova produzida em consequência da duplicação de genes. Para o autor, o que "está em jogo é se existem evidências suficientes de que as instruções comunicadas digitalmente e codificadas no DNA poderiam ter sido construídas através de processos evolutivos conhecidos, ou se os dados sugerem que uma explicação alternativa é necessária, como em todas as informações não biológicas codificadas”. (p.19). Ele explica que toda a vida depende da informação biológica codificada no DNA com o qual sintetiza e regula várias sequências peptídicas exigidas pelas células de um organismo. Assim, um modelo evolutivo representando a diversidade da vida precisa demonstrar como as regiões exônicas noveladas que codificam diferentes funções podem surgir. A seleção natural tende a conservar a funcionalidade, sequência e tamanho básico de genes e, apesar de mudanças benéficas e adaptativas serem possíveis, estas servem apenas para melhorar ou ajustar o tipo existente. No entanto, a duplicação de genes permite uma pausa na seleção e assim pode proporcionar um substrato molecular para o desenvolvimento de inovação bioquímica. O autor utiliza como referência vários exemplos bem conhecidos de duplicação de genes, e os principais meios de divergência evolutiva resultante, para examinar a plausibilidade dessa suposição. Todas as evidências apresentadas neste artigo revelam que, embora a duplicação pode e deve facilitar adaptações importantes por mexer com os compostos existentes, evolução molecular não deixa de ser restrita em cada e todo caso. Portanto o autor conclui que, embora o processo de duplicação de genes e mutações aleatórias certamente tenha contribuído para o tamanho e a diversidade do genoma, ele por si só é insuficiente para explicar a origem da informação altamente complexa pertinente para o funcionamento essencial dos organismos vivos.

KUHN (2012) nesta revisão apresenta uma série de desafios, tanto para evolução química quanto biológica. Quanto à origem química da vida, Kuhn aponta para a pesquisa de Stanley Miller, conhecida como o "experimento de Urey-Miller" (ou a Sopa Orgânica), publicado em 15 de maio de 1953 pela revista Science, no qual acreditava que moléculas necessárias à vida foram formadas a partir de uma mistura de gases e compostos inorgânicos que se acreditava ser a atmosfera primordial da Terra, uma atmosfera altamente redutora. Urey e Miller tentaram reproduzir a atmosfera primitiva em laboratório. Para tanto, num recipiente fechado - com uma mistura de hidrogênio, água, amônia e metano -, a dupla disparou cargas elétricas para simular o efeito de raios, e o resultado, após uma semana, aconteceu o aparecimento espontâneo de glicina e a alanina que são aminoácidos - moléculas orgânicas não complexas. Porém, Khun comenta que pesquisas recentes indicam que a atmosfera primitiva não foi reduzindo, mas era uma atmosfera oxidante rica em CO2 que certamente degradaria esses aminoácidos. Citando Signature in the Cell de Stephen Meyer, ele afirma que "o problema fundamental e intransponível com a evolução darwiniana está na complexidade notável e informações inerentes contidas no DNA". Segundo ele, "a evolução darwiniana e a seleção natural não poderiam ter sido causas da origem da vida, porque elas exigem replicação para operar, e não houve replicação antes da origem da vida".

Ele também explica o conceito de complexidade irredutível, citando o livro “Darwin's Black Box” de Michael Behe, e observa que "a complexidade irredutível sugere que todos os elementos de um sistema devem estar presentes simultaneamente em vez de evoluir através de uma gradual, melhora sequencial, como afirmam os neodarwinianos”. Além disso, “o fato de que esses sistemas irredutivelmente complexos são especificamente codificados através do DNA, acrescenta outra camada de complexidade chamada ‘complexidade especificada’”. Como médico, Kuhn também comenta sobre alguns dos sistemas irredutivelmente complexos dentro do corpo humano (visão, sabor, equilíbrio, etc...). Além disso, o autor discorre sobre a possível ancestralidade humana/chimpanzé que antes se acreditava possuir diferença entre eles de apenas 2-4%. No entanto, sabe-se hoje que a semelhança real do DNA entre as espécies é de 70% a 75% quando se considera o genoma completo, incluindo o famigerado "DNA lixo", o qual foi descoberta a função de codificar elementos complementares na transcrição ou na expressão. Para ele, a diferença de 25% representa quase 35 milhões de mudanças de nucleotídeo único e 5 milhões de inserções ou deleções.

Kuhn também observa que outro desafio vem da explosão cambriana, ou seja, milhares de de espécies com um aparecimento súbito de quase todos os filos (35/40) do reino animal num período relativamente curto durante a era cambriana de 525 a 530 milhões de anos atrás. Ele argumenta que a ausência de espécies transitórias para qualquer dos filos cambrianos limita a explicação dos evolucionistas. Kuhn também comenta sobre a promoção incorreta da teoria de Darwin, de espécies transitórias forjadas e de embriões fraudulentos presente nos livros didáticos. Para ele, os atuais alunos de biologia e da medicina aspirantes a cientistas não estão sendo ensinados a história toda. Pelo contrário, as evidências sugerem que eles continuam a receber material incorreto e incompleto que exagera o efeito da mutação aleatória e da seleção natural para explicar o DNA, a célula, ou a transição de espécie para espécie. Kuhn conclui que já "é tempo para afiar a mente dos estudantes, biólogos e médicos para a possibilidade de um novo paradigma".

MATTICK e DINGER (2013) analisam artigos recentes que contestam a principal conclusão do projeto ENCODE de que a maioria do genoma humano é funcional. Eles apresentam argumentos e análises que confirmam os resultados do projeto ENCODE e sugerem que a resistência a estes resultados é ainda mais motivado em alguns setores com a utilização do conceito duvidoso de “DNA lixo” como prova contra o design inteligente. Os autores, então, defendem de forma direta os dados que apoiam o design inteliegente, e afirmam que esta teoria desafia a concepção de que a seleção natural explicaria a existência de organismos complexos.

NOBLE (2013) alega que a fisiologia está balançando a fundação da biologia evolutiva. O autor argumenta que "a 'Síntese Moderna' (Neodarwinismo) é uma visão genocêntrica da evolução de meados do século 20, com base em mutações aleatórias que se acumulam para produzir uma mudança gradual através da seleção natural". Embora, seja um biólogo de sistemas evolucionista, o Dr. Noble afirma que a ciência atual sabe que esta visão está errada, pois "mudança genética está longe de ser aleatória, e muitas vezes não gradual". O autor comenta que, em relação ao ponto de vista neodarwinista, “não é só a visão padrão do século 20 da genética molecular que está em causa. A teoria da evolução em si já está em um estado de fluxo”. Neste estudo, o autor pontua os seguintes pressupostos neodarwinistas que estão errados, tais como: (1) "mudança genética é aleatória", (2) "mudança genética é gradual", (3) "na sequência de alteração genética, seleção natural leva a variações de genes específicos (alelos) aumentando em frequência dentro da população", e (4) "herança de características adquiridas é impossível". Para refutar cada um desses pressupostos, ele cita algumas evidências recém-descobertas (últimos 5 anos) de herança de características adquiridas, e acrescenta que esses achados revelam uma grande variedade de mecanismos que suportam essa herança, antes negada. Diante disso, o autor propõe um modelo novo e radical da biologia chamado de "síntese integrativa", onde os genes por si só não executam o programa, mas sim, onde todas as partes de um organismo - o genoma, a célula, o plano corpóreo - estão funcionando integrados nesse processo. Segundo o autor, “a característica central da síntese integrativa é uma revisão radical do conceito de causalidade em biologia. A priori não existe um nível privilegiado de causalidade. [...] O controle é então distribuído, alguns dos quais é herdado, independentemente de sequências de DNA. [...] Sequências de DNA são mais bem vistas como causas passivas, porque elas são usadas apenas quando as sequências relevantes são ativadas. DNA por conta própria não faz nada. As causas ativas encontram-se dentro das redes das células, tecidos e órgãos do corpo”. Esta é uma nítida abordagem da Biologia de sistemas. No entanto, embora o autor não endosse essa conclusão, essa abordagem é muito mais consistente com o design inteligente do que com um modelo baseado em mecanismos evolutivos estritamente desgovernados.

TOMKINS (2013) encontrou que o nível de similaridade entre humanos e macaco é de cerca de 70% ao contrário do que os pressupostos clássicos evolutivos presentes nos livros didáticos afirmavam de que seria cerca de 98%. A variação destes valores é, em parte devido a maiores conjuntos de dados tornando-se disponíveis para comparação, mas é principalmente devido a diferentes pressupostos utilizados no cálculo das porcentagens. Por exemplo, as semelhanças mais elevadas encontradas por cientistas evolucionistas foram obtidas por análise de sequências únicas de DNA que correspondem a partes reais do código genético. Entretanto, as estimativas de menor similaridade refletem comparações que incluem vastas extensões de DNA que incluem as regiões não-codificantes. Para ele, estas seriam as condições mais ideais do estabelecimento sequencial. Mas, e se nós compartilhássemos 98% de DNA com os chimpanzés, por que isso deveria demonstrar a nossa ancestralidade comum? Agentes inteligentes regularmente reutilizam peças que funcionam em diferentes sistemas (por exemplo, rodas para automóveis e rodas para aviões). Semelhanças genéticas entre humanos e chimpanzés poderiam facilmente ser visto como o resultado de um projeto comum, em vez de descendência comum.

TOMKINS (2013) explica que humanos e macacos diferem em número de cromossomos – humanos possuem 46 enquanto símios possuem 48 deles. A diferença entre as espécies é atribuída à hipótese do "modelo de fusão do cromossomo 2". Este é um dos argumentos mais populares para a explicação da evolução humana a partir de um ancestral comum com os chimpanzés, no qual os cromossomos 2A e 2B de macacos supostamente fundiram-se ponta–a–ponta (dos telômeros) em um passado distante, formando o cromossomo humano 2. Grande parte da investigação de apoio a este modelo hipotético foi encontrada em 1991, baseada em evidências indiretas derivadas de técnicas de hibridização de DNA e coloração cromossômica (observado num microscópio). Mas, os seres humanos e os chimpanzés também têm regiões de seus cromossomos que não compartilham padrões de coloração comum. Estas técnicas proporcionam apenas estimativas aproximadas de similaridade de sequência. Ainda assim, esta ideia evolucionista é postulada, apesar do fato de que todas as fusões conhecidas em mamíferos existentes envolvem DNA satélite e divisões próximas aos centrômeros. Além disso, os pesquisadores notaram que a hipotética assinatura encontrada de fusão telomérica ponta-a-ponta é muito pequena (~ 800 bases) e altamente degenerada (ambígua) dada os supostos 3 a 6 milhões de anos de divergência de um ancestral comum.

Neste artigo de Tomkins, é também mostrado que o suposto local de fusão é um domínio de ligação ao DNA funcional no interior do primeiro íntron (região não codificante) do gene da helicase de RNA regulatória DDX11L2, que codifica várias variantes de transcrito expresso em, pelo menos, 255 células diferentes e/ou tipos de tecidos. Especificamente, o suposto local de fusão codifica o segundo domínio ativo de ligação do fator de transcrição do gene DDX11L2 que coincide com marcas de histonas transcricionalmente ativos e cromatina ativa e aberta. Registros dos transcritos do gene DDX11L2 sugerem complexa regulação pós-transcricional através de uma variedade de locais de ligação de microRNA. As fusões de cromossomos não seriam esperados para formar a complexidade de múltiplos éxons, splicing alternativo dos transcritos de genes. Assim, o autor afirma que genes funcionais como DDX11L2 não surgem pela fusão mítica dos telômeros. Esta evidência genética clara, combinado com o fato do registro de uma região genômica de 614 Kb em torno do suposto local de fusão apresenta falta de sintenia (correspondência gênica) com chimpanzé nos cromossomos 2A e 2B (suposta origem do local de fusão), refuta completamente a alegação de que o cromossoma humano 2 é o resultado de uma fusão ancestral telomérica ponta-a-ponta.

TOMKINS (2014) explica que a genômica moderna fornece a habilidade de rastrear o DNA de uma grande variedade de organismos a fim de controlar as vias metabólicas quebradas. Esta riqueza de dados tem revelado entropia genética difundida em humanos e outros genomas. A perda da via metabólica de vitamina C devido a deleções no gene GULO (L-gulonolactone oxidase) foi detectada em seres humanos, macacos, porquinhos da índia, bastões, camundongos, ratos, porcos e aves passeriformes. Para o autor, entretanto, as evidências de ancestralidade comum em todo o locus do gene GULO entre humanos e outro primatas são completamente negadas pelas seguintes descobertas: os padrões de degradação do gene GULO são taxonomicamente restritos e falham ao apoiar a macro evolução. Pesquisas atuais mostram que as múltiplas perdas de éxons no gene GULO em humano, chimpanzé e gorila ocorreram de forma independente em cada táxon, e estão associadas a regiões que contêm uma grande variedade de fragmentos de elementos transponíveis. Assim, eles representam outro tipo de deleções de sequências que ocorrem através de recombinação desigual associada com repetições de elementos transponíveis. As 28.800 bases na região do gene GULO humano são apenas 84% e 87% idênticos quando comparados ao chimpanzé e gorila, respectivamente. As 13.000 bases a montante da região do gene GULO humano correspondente à área putativa de perda por pelo menos dois grandes éxons são apenas 68% e 73% idênticas à de gorilas e chimpanzés, respectivamente. Essas semelhanças no DNA são inconsistentes com as predições da ancestralidade comum. Além disso, o gorila é consideravelmente mais semelhante ao humana nesta região do que o chimpanzé, negando a ordem inferida pela filogenia. Taxonomicamente, eventos de degradação no gene restrito estão emergindo como um tema comum associado a entropia genética e descontinuidade sistemática, ou seja, sugere que não houve macro evolução. Para tanto, foi realizado um estudo de análise genética no pseudogene GULO entre humanos e outros primatas por meio da técnica de fatias de sequencias de DNA otimizada, a qual proporciona um melhor alinhamento entre as sequencias. Em seguida, executou-se uma pesquisa BLAST padrão em cada um desses pedaços, e comparou as sequencias correspondentes (homologia) humanas com as sequencias de outros primatas. Em suma, os parâmetros utilizados neste estudo nunca antes foram concebidos para uma comparação regional genômica um por um em larga escala, abrangendo áreas intrônicas. Este estudo apenas expõe o que já era conhecido, mas nunca anteriormente elaborado, pois colocaria em causa o paradigma da ancestralidade comum.

D'ONOFRIO e ABEL (2014) publicaram um estudo que apoia a Teoria do Design Inteligente (TI) ao descobrir que os chamados "códons redundantes" ou códigos de repetição pode, na verdade, exercer funções importantes no genoma. Os autores declaram que códons redundantes pode levar a diferentes taxas de tradução que podem causar impacto na dobragem e função das proteínas, além de simplesmente ser funcionalmente irrelevantes por minimizar o impacto das mutações ao codificar o mesmo aminoácido, como os evolucionistas acreditam.

CRISP et al. (2015) explicam que um conceito fundamental em biologia é que o DNA é passado de pais para filhos (transferência vertical de genes). Um mecanismo alternativo de aquisição de gene é através de transferência horizontal de genes (THG), que envolve a troca de material genético entre espécies diferentes. THG é bem conhecida em organismos unicelulares (bactérias), mas ainda é controversa em seres humanos. O estudo desafia a visão convencional de que a evolução animal se baseia ‘exclusivamente’ em genes transmitidos através de linhagens ancestrais. Mas o que isso significa realmente? Significa que os biólogos descobriram dados genéticos fortemente em desacordo com a árvore filogenética evolutiva dos darwinistas. A metodologia aplicada no estudo foi um exame detalhado de THG em 26 espécies de animais (10 primatas, incluindo humanos, 12 espécies de Drosophila ou mosca da fruta, e quatro espécies de verme nematoide) associada, e uma análise simplificada em outros 14 vertebrados. Eles calcularam o quão bem cada um dos seus genes se alinha com genes similares em outras espécies para estimar qual seria a probabilidade de ser de origem estrangeira. Os resultados encontrados foram 17 genes previamente relatados adquiridos de THG, e identificaram 128 genes estrangeiros adicionais no genoma humano que não tinham sido reportados. Eles realmente não demonstraram que o gene surgiu por THG, pelo contrário, encontraram apenas um gene que parece mais semelhante a um em relação a outro tipo diferente de organismo (como bactérias, protistas, ou fungos) do que para os organismos mais estreitamente relacionados. Em seguida, eles relacionam o achado ao THG, sem ao menos testar todas as alternativas. Outra possível hipótese é que esta evidência simplesmente reflete o fato de que a descendência comum não está correta. Em outras palavras, os autores apenas supõe que, filogeneticamente, dados incongruentes refletem THG, desconsiderando outras explicações alternativas. Eles dizem "THG" ou "genes estrangeiros", mas no fim tudo o que representa são "genes que entram em conflito com a filogenia". Nesta perspectiva, o processo contra a descendência comum é convincente.

DEVANAPALLY, RAVIKUMAR e JOSE (2015) publicaram um estudo experimental que verificou um mecanismo para a herança de características adquiridas, em lombrigas Caenorhabditis elegans. Esse mecanismo pode ter sido limitado em seu objeto de estudo, no entanto, eles mostraram que isso acontece. Mas, o que significa isso? Voltemos na história! Lamarck, em 1809, propôs a “Lei do uso e desuso” que, de forma geral, envolvia a transmissão dos caracteres adquiridos, ou seja, para ele alterações no corpo de um organismo provocadas pelo uso ou desuso seriam transmitidas aos descendentes. Mais tarde, com o surgimento da teoria da seleção natural, Darwin rejeitou as ideias de Lamarck. Muitos cientistas utilizaram a seguinte ideia para a rejeição: “Uma pessoa que pratica atividade física terá musculatura mais desenvolvida, mas essa condição não é transmitida aos seus descendentes”. No entanto, desde que a "Epigenética" entrou para o vocabulário, mais geneticistas conservadores tiveram de recuar do dogma central (DNA faz RNA que faz proteína) em graus variados. Nos dias de hoje, é comum ver admissões de "herança epigenética" e "transferência lateral de genes".

Neste estudo, os autores mostraram que algumas mudanças ambientais podem causar efeitos que duram algumas gerações, mesmo na ausência de alterações no genótipo. Os pesquisadores descobriram um agente de transferência de informação na forma de RNA de fita dupla (dsRNA). Esta é a primeira vez que esse processo é observado a afetar a linhagem germinativa. Segundo eles, os neurônios podem transportar formas de dsRNA na linha germinativa para provocar o silenciamento de um gene que pode durar até 25 gerações. Isto parece um mecanismo destinado a ajudar as gerações seguintes a se adaptar às mudanças ambientais, e a longevidade. Isso é bom para as lombrigas, mas em relação aos organismos superiores? Os autores consideram a possibilidade de que um mecanismo similar de importação de dsRNA funciona em mamíferos. Esse achado enfraquece o neodarwinismo clássico. Não há mais esperança de mutações benéficas por acaso; em vez disso, acredita-se em sistemas organizados para a transferência de informação a partir do ambiente para o organismo e sua descendência, de modo que possa adaptar-se a uma mudança. Um novo nível de organização é linguagem de design. Isso soa como um plano pré-programado em um mundo de mudança: um plano para manter a população estável quando há ameaça de fome, seca, calor, frio, ou outros fatores. O que é intrigante é esse nível de organização que os biólogos não sabiam que existia em animais. Aqui está um novo caminho onde a pesquisa baseada em design pode assumir a liderança.

LAMICHHANEY et al. (2015), evolucionistas, afirmam que os tentilhões das Ilhas Galápagos são um símbolo icônico da teoria da evolução de Charles Darwin. No entanto, as evidências científicas reais validando a teoria de Darwin de que “uma [destas espécies] havia sido tomada e modificada para fins distintos” há muito que tem sido colocada em causa. Em uma das investigações genéticas mais compreensivas até os dias de hoje, Lamichhaney e sua equipe encontraram evidências genéticas que falharam ao não demonstrarem como é que “uma espécie havia sido tomada e modificada”. Embora o estudo relatasse uma associação entre uma sequência de DNA particular, ALX1, e o controle do desenvolvimento da forma do bico dos tentilhões, ele não encontrou associação com uma sequência de DNA diferente, BMP4, que desde 2004 tem sido anunciado como um fator importante para controlar a forma do bico. Ao investigarem o gene ALX1, eles também descobriram “discrepâncias enormes com a taxonomia baseada no fenótipo”. Péssimas notícias para a evolução, visto que as diferenças genéticas entre os tentilhões falham ao não se alinharem com o fenótipo (características físicas e morfológicas).

Para tanto, os autores fizeram sequenciamento do genoma a partir da extração de amostras de sangue de 120 tentilhões capturados em redes mistas (e posteriormente libertados) posicionados nas Ilhas Galápagos e nas Ilhas Cocos, e dois grupos próximos de tanagers (espécie de pássaro) das Ilhas Bardados. O gene ALX1 não só falhou ao não se corresponder de forma consistente com o tamanho e a forma dos bicos, como – e mais importante ainda – serviu para que os cientistas observarem não haver qualquer relacionamento transicional entre os tentilhões, vazios de algum tipo de evidência que sirva de identificação para o ancestral comum – a raiz da árvore de Darwin. Em vez de encontrarem evidências das mudanças [genéticas] pequenas e sucessivas entre os tentilhões, os autores descobriram uma partilha de genes – e não mudanças genéticas evolutivas e sequenciais. “Era evidente uma partilha extensiva de variações genéticas entre as populações, particularmente entre os tentilhões terrestres e os arbóreos, com quase nenhuma diferença fixa entre as espécies de cada grupo”. Isso sugere uma hibridização, visto que não há uma distinção clara entre as populações. Uma vez que uma bem sucedida e contínua hibridização na natureza só ocorre dentro da mesma espécie, as evidências apontam para uma única espécie de tentilhões – algo que não está de acordo com a teoria de Darwin de que “uma espécie [foi] tomada e modificada” (DARWIN, 1845, p.345-356).


Imunologia

O neodarwinismo afirma que as mutações, juntamente com a seleção natural evoluíram vários sistemas imunológicos existentes hoje em humanos, do simples para o sistema mais complexo. No entanto, os vários sistemas imunes adaptativas no reino animal são todos igualmente complexos, mas com grandes descontinuidades entre eles. É improvável que um evoluiu para outro. Todos os organismos multicelulares têm um sistema imune inato elaborado, e muitos animais têm um dos dois braços conhecidos do sistema adaptativo que produz uma enorme diversidade de anticorpos para destruir agentes patogênicos específicos. Embora muito diferente, todos os sistemas imunes conhecidos são altamente eficazes em combater agentes patogênicos. Não existe evidência para a evolução do sistema imunológico, o que parece ser irredutivelmente complexo.

MILLS (1999) explica que os mecanismos imunológicos para gerar diversidade dos anticorpos não fornecem evidências da evolução darwiniana, mas sim apoiam o conceito de complexidade irredutível e design inteligente. O raciocínio de Mills é que o sistema de formação de anticorpos é "complexo demais para ser explicado por uma transferência de gene transposase simples a partir de um vírus ou bactéria para um organismo de vertebrados" (p.256). Ele conclui que o sistema de formação de anticorpos claramente se qualifica como ‘irredutivelmente complexo’, tal como definido por Michael Behe. Para Mills, as peças que interagem, neste caso, seriam os diversos segmentos de genes de imunoglobulina, os fatores de reconhecimento e das enzimas necessárias para a translocação dos diferentes segmentos de genes. Além disso, o autor acrescenta que eles necessariamente incluem mecanismos para a formação da superfície do receptor de imunoglobulina, que é primordial para a produção de quantidades suficientes de anticorpos.

BERGMAN e O'SULLIVAN (2008), cientistas criacionistas, descrevem que a capacidade de anticorpos para hipermutação como um processo biológico é bem concebida e proposital (mente inteligente), ao contrário do que os evolucionistas alegam. Esta interpretação é corroborada pelas especificações do processo, cada uma das quais representa a informação de que a natureza por si só não possui nenhum mecanismo para evoluir o sistema imunológico. A estrutura tridimensional da DIA, a alocação de mutações (alterações de bases de RNA) especificamente sobre as pontas dos anticorpos, e a alocação de genes de imunoglobulina em segmentos apropriados do genoma de forma que possam ser transcritas em conjunto são algumas das especificações necessárias para variações de anticorpo a fim de atingir eficazmente os seus efeitos.

Os autores também comentam sobre a imunidade adaptativa. Para eles, a prova de que a imunidade adaptativa é um sistema irredutivelmente complexo é bastante simples em seres humanos. Isso é demonstrado por doenças imunológicas, como a AIDS (perda de função em células T helper), agamaglobulinemia ligada ao X (XLA; uma deficiência de enzimas Bright e BTK, o que leva a uma incapacidade de produzir o nível necessário de imunoglobulinas protetoras – podendo, assim, desenvolver infecções repetidas), e doenças autoimunes (uma falha em diferenciar o próprio do não próprio). Todos estes exemplos apoiam a conclusão de que a falha de uma única parte vital do sistema conduz a uma falha catastrófica de todo o sistema, o que é uma manifestação primária de complexidade irredutível.


Bioquímica

POLANYI (1967), um químico e filósofo, por meio de um artigo científico foi um dos primeiros intelectuais a descobrir que o DNA era parte de um sistema de processamento de informação elaborado, que incluiu a nanotecnologia com sofisticação inigualável. Ele argumentou que "as máquinas são irredutíveis para a física e química" e que "as estruturas mecanicistas de seres vivos parecem ser da mesma forma irredutível” (p.66). O bioquímico Michael Behe, mais tarde, desenvolveu ideias de Polanyi com seu conceito de complexidade irredutível.

BEHE e SNOKE (2004) comentam que proteínas comumente interagem com outras moléculas através de um encaixe do tipo "mão na luva", mas essas interações frequentemente exigem que múltiplos aminoácidos sejam do tipo 'bem certos' antes delas ocorrerem. Behe e Snoke desafiaram a ideia darwinista de que complexas características adaptativas de proteínas poderiam ser explicadas por mecanismos moleculares, genéticos e evolutivos conhecidos. Até hoje, todos os modelos de processo, muitas vezes implicitamente assumem que uma única mutação para o gene duplicado pode conferir uma nova propriedade selecionável. No entanto, algumas características de proteínas, tais como pontes dissulfeto ou sítios de ligação do ligando, exigem a participação de dois ou mais resíduos de aminoácidos, o que pode exigir várias mutações. Percebendo isto, através de métodos de modelagem matemática e lógica eles simularam a evolução darwinista de tais interações proteína-proteína. Os cálculos de Behe e Snoke descobriram que para organismos multicelulares, evoluir uma simples interação proteína-proteína iria requerer duas ou mais mutações a fim de funcionar, provavelmente requereria mais organismos e gerações do que seria disponível em toda a história da Terra. Eles argumentam que a explicação evolucionista do mecanismo de duplicação de gene e mutação pontual seriam ineficientes porque poucas espécies multicelulares alcançariam os tamanhos populacionais exigidos. Eles concluem que a trajetória evolutiva clássica de descendência com modificação não é adequada para explicar a diversificação das funções das proteínas.

AXE (2004) publicou uma pesquisa experimental sobre testes de sensibilidade mutacional que ele realizou com enzimas como a B-lactamase (função de digerir antibióticos relacionados à penicilina) em bactérias. Enzimas são cadeias longas de aminoácidos que se dobram em um formato tridimensional específico e estável para que possam funcionar. Mas, como essas dobras foram adquiridas? Um passo importante para responder a esta questão está na obtenção de uma estimativa da prevalência global de sequências que adotam dobras funcionais. Os experimentos de sensibilidade mutacionais começam por fazer mutações das sequências de aminoácidos dessas proteínas, em seguida testando as proteínas mutantes para determinar se elas ainda podem se dobrar num formato estável e funcionar adequadamente. A pesquisa de Axe verificou que as sequências de aminoácidos que produzem arranjos proteicos estáveis e funcionais podem ser tão raras como na proporção de 1 em 10^74 sequências, o que sugere que a maioria das sequências de aminoácidos não irão produzir proteínas estáveis e, portanto, não poderiam funcionar nos organismos vivos. Colocando o tema em perspectiva, os resultados de Axe sugerem que as chances de processos darwinianos cegos e não controlados produzirem um formato funcional de proteína são menores do que as chances de alguém, com os olhos fechados, disparar uma flecha na Via Láctea e acertar um átomo pré-selecionado. Esta pesquisa também indica que há altos níveis de complexidade especificada em enzimas, um indicador de design inteligente.

AXE (2010) argumenta que sequências de aminoácidos que produzem dobras de proteínas funcionais são muito raras de ser descoberto pelos processos de tentativa e erro da evolução darwiniana. Ele começa por observar que, quando o código genético foi descoberto pela primeira vez, "O código tinha deixado claro que o grande conjunto de possíveis proteínas que poderia concebivelmente ser construídos por mutações genéticas é demasiado grande para ter sido efetivamente amostrado de forma significativa na história de vida. No entanto, como poderia a amostragem altamente incompleta ter ocorrido de forma tão satisfatória? Como poderia ter localizado a impressionante variedade de funções de proteína necessária para a vida em todas as suas formas, ou a impressionante variedade comparável de estruturas de proteínas que executam essas funções? Esta preocupação foi levantada várias vezes nos primeiros dias do código genético, mas recebeu pouca atenção da comunidade biológica. Depois de analisar o problema, o autor conclui que "com nenhum atalho perceptível a novas dobras de proteínas, conclui-se que o problema de amostragem é realmente um problema para as contas evolutivas de suas origens”. Ele argumenta que "um mecanismo de busca incapaz de localizar uma pequena mancha em um grão de areia nível-14 não está apto a fornecer a explicação das origens da dobra que procuramos. Claramente, se essa conclusão estiver correta, faz-se necessária uma reflexão séria de como podemos explicar as origens de proteínas, o que significa um repensar das origens biológicas como um todo".

FISHER et al. (2011) realizaram a hipótese de Design inteligente em relação às proteínas que funcionam por mecanismos não-darwinianos. Imagine um cenário onde cepas knockout de E.coli que foram excluídos por genes condicionalmente essenciais são resgatados por proteínas retiradas de uma biblioteca composta de proteína >10 6 de sequências projetadas “de novo”. Os autores usaram uma biblioteca combinatória de proteínas longas com 102-resíduos para resgatar E.coli knockout não viáveis. As perdas funcionais nas cepas knockout afetaram serina, glutamato e biossíntese isoleucina e desativou a capacidade natural das células para a aquisição de ferro em ambientes limitados em ferro.

A inferência evolutiva dada pelos autores – de bilhões de anos de evolução têm impulsionado atividades ideais para um crescimento mais rápido -, portanto, parece ser nada mais do que uma repetição de um conto de fadas darwiniano positivamente obsoleto. Afinal, se as proteínas funcionam por mecanismos diferentes, não se pode alegar que eles estão, em qualquer sentido no caminho para se tornar as entidades de proteína mais eficientes que ocorrem naturalmente como temos observado a E.coli hoje.


Microbiologia

VREELAND, ROSENZWEIG e POWERS (2000) explicam que, bactérias têm sido encontradas em uma variedade de amostras antigas, no entanto poucos estudos são geralmente aceitos devido a questões sobre a qualidade da amostra e a contaminação. Os autores afirmam que encontraram vestígios de isolamento e crescimento de uma bactéria em forma de esporos não reconhecida anteriormente (espécies de Bacillus, designado 2-9-3) em uma inclusão de salmoura dentro de um cristal de sal datada de 250 milhões de anos, na Formação Salado, Carlsbad, Novo México. Vale ressaltar que esta datação é o dobro do tempo que a literatura aponta como possível de uma bactéria viver presa em rochas! Eles conseguiram analisar o DNA ribossomal da bactéria e observaram que as sequências de genes completas dos 16S mostram que o organismo faz parte da linhagem de Bacillus marismortui e Virgibacillus pantothenticus. Estruturas cristalinas delicadas e características sedimentares indicam que o sal não foi recristalizado desde a formação.

Os pesquisadores fizeram um grande esforço para se certificar de que suas amostras não estavam contaminadas, e que o sal não foi recristalizado. Para tanto, eles seguiram a seguinte metodologia: as amostras foram rejeitadas quando as inclusões em salmoura mostraram sinais físicos de uma eventual contaminação. Superfícies de amostras de cristal de sal foram esterilizadas com álcali forte e ácido antes de extrair salmouras das inclusões. Utilizados procedimentos de esterilização para reduzir a probabilidade de contaminação a menos de 1 em 109. Os descobridores das bactérias vivas de 250 milhões de anos especularam que o metabolismo simples das bactérias iria fornecer em longo prazo pistas para a evolução da vida e de como as bactérias poderiam sobreviver no espaço. Mas, é surpreendente que bactérias, DNA, hemáceas, ou proteínas ósseas, pudessem realmente sobreviver às vicissitudes da tectônica, eventos de aquecimento, água que escoa através das rochas, e outros processos geológicos durante milhões de anos e permanecerem ‘vivos’. A descoberta fica muito mais confortável dentro do modelo de explicação de um dilúvio universal na terra jovem ou do design inteligente.

SAIER (2004), apesar de afirmar que corpos basais do flagelo bacteriano e o sistema de secreção de proteínas tipo III (SST3) evoluíram de um ancestral comum, ele questiona o que veio primeiro. Segundo o autor, esta situação soa como a questão da galinha ou o ovo, mas sem um registro fóssil molecular isso não é tão simples. Neste artigo, o autor argumenta que os dados da filogenética implicam que a SST3 não poderia ter sido um precursor para o flagelo.

Para melhor compreensão, vamos discorrer sobre o assunto. Pesquisas tem sugerido que a complexidade irredutível do flagelo bacteriano já foi refutada, porque cerca de 10 proteínas flagelares também pode ser usadas para construir uma máquina de injeção de toxina (o sistema de secreção de proteínas tipo III, ou SST3) que algumas bactérias predatórias usam para matar outras células. Os darwinistas sugerem que o SST3 é um possível precursor para o flagelo bacteriano, um subsistema totalmente funcional. Mas, um fato em favor da visão do flagelo primitivo é que a bactéria teria precisado de propulsão antes de ela precisar de SST3. Além disso, os flagelos são encontrados numa maior diversidade de espécies bacterianas do que SST3. Também é fato que o SST3 é composto de apenas cerca de ¼ das proteínas do flagelo, e não ajuda a explicar a forma como a função fundamental do flagelo - seu sistema de propulsão - evoluiu. Os evolucionistas caracterizam erroneamente a complexidade irredutível como se ela impedisse as subpartes de um sistema de ter funcionalidade. Behe nunca afirmou isso. Mas, mesmo se o cenário especulativo darwinista tivesse razão sobre a descendência comum do SST3 e o flagelo bacteriano, não seria suficiente para provar uma explicação darwinista para a origem do flagelo porque ainda existe um grande salto em termos de complexidade de um T3SS a um flagelo.

MINNICH e MEYER (2004) sugerem que SST3 presente em algumas bactérias, ao invés de ser um intermediário evolutivo para o flagelo bacteriano (como afirmam os evolucionistas), provavelmente representa uma forma degenerada do mesmo. Os autores utilizaram como metodologia uma combinação de análise de microarray, fusões genéticas e comportamentos de mutantes específicos. Esses dois últimos diz respeito a experimentos genéticos knock-out, ou seja, a substituição in vitro, de uma sequência de DNA normal por uma sequência homóloga mutada, dentro das células embrionárias. Ao inserir genes mutados nas células, eles verificaram que foi afetado o eixo de transmissão da proteína ou o conjunto U e, então, o flagelo não podia nadar; ao reintroduzir o gene do tipo selvagem por mecanismo de complementação genética, eles possuíam uma boa cópia do gene e, então, era restaurada a motilidade. Foi realizado isso com todos os 35 componentes do flagelo, e obteve-se o mesmo efeito. Desta forma, os autores mostraram que o flagelo bacteriano é irredutivelmente complexo. Os autores alegam explicitamente que em comparação com o mecanismo neodarwinista, o design inteligente explica melhor a origem do flagelo bacteriano.

BEHE (2010), neste estudo de revisão, fez inicialmente menção aos princípios do DI, logo, a submissão do manuscrito foi rejeitada. Assim que ele retirou o termo “design inteligente”, o editor aceitou publicá-lo. Ademais, esse artigo se torna marcante ao questionar os resultados de um dos mais duradouros e impressionantes experimentos contínuos da Biologia, o experimento realizado pelo microbiologista Richard Lenski. A pesquisa de Lenski se iniciou em 1988 com 12 populações idênticas da bactéria Escherichia coli que foram acondicionadas em frascos com meios de cultura para crescimento contínuo até hoje. Ele tem buscado alterações nas sequências evolutivas das bactérias por mais de 50.000 mil gerações (o que equivale a cerca de um milhão de anos para seres humanos). Behe argumenta que os resultados de Lenski mostraram claramente que a mutação aleatória e seleção melhorou a bactéria com o tempo. Ele demonstrou, sem dúvida, que mutações benéficas existem e podem se espalhar rapidamente em uma população de organismos. No entanto, muitas das mutações benéficas revelaram-se, surpreendentemente, degradativas. Em outras palavras, quebrando ou deletando alguns genes pré-existentes ou elementos genéticos regulatórios, de modo que já não funcionava, na verdade, ajudou o organismo nas condições em que foi cultivado. Outras mutações benéficas alteraram pouco os genes pré-existentes ou elementos regulatórios.

Embora Lenski afirme em seus artigos que observou mutações benéficas capazes de construir elementos codificadores funcionais (ECF), Behe discorda alegando que uma duplicação gênica que traz consigo um promotor tolerante ao oxigênio próximo ao gene citT não dá origem a um novo gene ou qualquer elemento funcional. Em vez disso, Lenski simplesmente duplicou recursos existentes ao quebrar ou neutralizar qualquer ECF cuja perda renderia um ganho líquido de fitness. Isto não é o que você esperaria de um processo, tal como a evolução darwiniana, que é apresentado como sendo capaz de construir maquinaria molecular incrivelmente sofisticada. Lenski também encontrou em seus experimentos uma cepa mutante que pode metabolizar citrato na presença de oxigênio. O ponto é que, a E.coli só metaboliza citrato em ambientes anaeróbicos, característica que é usada para diferenciá-la de outras espécies. Todavia, há publicações de E.coli com essa capacidade em presença de O², em 1982 e1998. Mas, porque normalmente isto não ocorre? Porque os genes CitT relacionados a essa função são regulados por um promotor que não funciona quando há O² presente. Mas após milhares de gerações, duplicações aleatórias do operon cit (onde o citT encontra-se) uniram-se ao rnk, cujo promotor funciona na presença de O², daí, permitindo a produção do transportador de citrato (traço Cit+). Em suma, ocorreu uma mera reestruturação de genes pré-existentes. Nada novo surgiu até hoje. Pior ainda, as populações isoladas sofreram perda de ‘fitness’ (aptidão para sobreviver em um dado ambiente/condição), devido o acúmulo de mutações deletérias.

SUMMERS et al. (2014) publicaram um estudo que corroborou uma inferência chave apresentada pela teoria do design inteligente em anos anteriores. Neste estudo, o Dr. Summers e colaboradores demoraram anos para obter os seus resultados, porque eles desenvolveram meticulosamente um sistema de teste adequado, onde a proteína transportadora da malária (chamada PfCRT) pudesse ser efetivamente implantada e monitorada de perto para a sua atividade relevante - a capacidade de bombear cloroquina (CQ) através de uma membrana celular, o que livra o parasita do fármaco. Para tanto, eles artificialmente mutaram a PfCRT em todas as formas que a natureza apresenta, além de produzirem intermediários inéditos. Assim os autores concluíram que, para a proteína ser capaz de transportar a CQ, é necessário um mínimo de duas mutações pontuais. Mas qual a importância disso pra pesquisa baseada em design? O fato é que Dr. Behe fez em 2007, em seu livro “The Edge of Evolution”, uma inferência de que seriam necessárias múltiplas mutações simultâneas, no mínimo duas, para conferir resistência à droga cloroquina em parasitas da malária (Plasmodium falciparum). Na época, este foi um grande ponto de discórdia entre os críticos de seu livro que alegavam que a resistência poderia surgir de forma gradual, após múltiplas mutações acumuladas. Summers e colaboradores descobriram, então, que são necessárias uma mutação pontual, além de uma segunda mutação, que fariam com que a proteína PfCRT adquirisse a habilidade de transportar CQ através de uma das duas principais rotas de mutação, a introdução de K76T mais a substituição de uma asparagina (N75 ou N326) com um resíduo ácido. Curiosamente, uma das duas mutações que o Dr. Behe discutiu em seu livro como eventualmente exigidas, na posição 76 da cadeia de proteína, é de fato uma das duas que os autores do artigo revelaram necessárias. Observou-se também que, embora as proteínas com apenas duas mutações pudessem bombear cloroquina através de uma membrana celular no seu sistema de teste, a taxa foi significativamente menor do que para algumas proteínas com mutações adicionais. Além disso, as duas mutações requeridas não foram necessariamente suficiente para permitir que os parasitas da malária sobrevivessem melhor na presença de cloroquina no laboratório.


Medicina/Anatomia

VICTOR, NAYAK e RAJASINGH (1999) publicaram o primeiro estudo na área de medicina pró-ID sobre o evidente design refletido na origem do coração. Eles concluíram que "há um design na evolução das conexões venosas do coração, músculos pectinato, valvas atrioventriculares, tendões do ventrículo esquerdo, vias de saída, e grandes artérias". Para eles, a "evolução" discutida no estudo decididamente não é darwinista, como eles observam que a evolução parece ser dirigida por um Designer: “Um aspecto negligenciado no estudo da evolução é a de antecipação. Átrios e ventrículos de peixes parecem ter uma disposição interna para tornar-se atualizado para a estrutura humana de 4 câmaras. Esta transformação é realizada em etapas: a truncus produz grandes artérias, o deslocamento adequado ocorre nas grandes artérias, o ventrículo esquerdo diminui em compressibilidade e aumenta no tamanho do lúmen, o aparelho cordopapilar se torna mais sofisticado, a circulação coronária passa por mudanças e o defeito do septo ventricular fecha” (p.174). Para chegar a esses achados, os autores analisaram a evolução dos ventrículos pelo exame macroscópico do coração dos peixes cartilaginosos e ósseos marinhos, e por angiocardiografia e exame macroscópico do coração dos peixes de água doce de ar aspirado, sapos, tartarugas, cobras e crocodilos.

VICTOR e NAYAK (2000), neste artigo, argumenta que o design inteligente é reconhecível no coração do homem, afirmando: “A anatomia comparativa aponta para um projeto e um Designer. Cirurgiões, anatomistas e qualquer um que estuda a forma e função humana tem uma oportunidade inigualável para refletir sobre as maravilhas da criação e contemplar as perguntas básicas: de onde viemos? por que estamos aqui? e para onde vamos?". Para chegar a estes argumentos, os autores es estudaram a anatomia comparada dos corações de peixe, sapo, tartaruga, cobra, crocodilo, aves (pato, galinha, codorna), mamíferos (elefante, golfinho, ovelha, cabra, boi, babuíno, wallaby, rato, coelho, gambá, equidna) e do homem. Os resultados foram analisados com respeito ao mecanismo de evolução do coração.

RANDAL BOLLINGER et al. (2007), médicos cirurgiões e imunologistas, afirmam ter descoberto uma função real para o apêndice vermiforme humano. Há gerações, o apêndice tem sido considerado pelos evolucionistas como ‘órgão vestigial’, ou seja, vestígios evolutivos que ‘comprovam’ o passado terrestre de ancestrais comuns, que com o passar do tempo esse órgão se tornou afuncional, uma parte supérflua do corpo humano. Diante disso, o apêndice é rotineiramente retirado, pois, quando inflamado, pode levar a pessoa à morte. Para os autores, entretanto, o apêndice vermiforme pode ser importante para a sobrevivência de bactérias intestinais comensais (bactérias boas), e para a recolonização do cólon após diarreias ou uso de antibióticos que matam. As bactérias comensais estão presentes no intestino e vivem em harmonia com o hospedeiro, ajudando a digerir a celulose, sintetizando compostos nutricionais como a vitamina K e componentes vitamínicos do complexo B. Também ajudam a matar bactérias que podem agredir o intestino humano. Assim, o apêndice age como uma casa segura para essas bactérias ‘boas’. Também tem a função de uma fábrica de bactérias, cultivando as bactérias ‘boas’.


Biologia do desenvolvimento

MCINTOSH (2009) explora as provas de design em sistemas vivos. Em particular, considera dois dos mecanismos vitais utilizados no vôo do pássaro – penas e o sistema respiratório das aves – ambos exibem “complexidade irredutível”, segundo o autor. Para ele, não existe nenhum exemplo conhecido e registrado como esse desenvolvimento em que a informação precursora ou maquinário já não está presente na forma embrionária. Tais características de design indicam que características não evolutivas estão envolvidas.

HARJUNMAA et al. (2012), biólogos evolucionistas, testaram uma hipótese extremamente significativa, e sua publicação representa um verdadeiro avanço. Embora não cite o termo ‘design inteligente’, os autores argumentam que os dentes mutantes conhecidos (em mamíferos), invariavelmente, mostram uma tendência de diminuição da complexidade, as perdas de estrutura, etc. No entanto, o que nunca é observado são aumentos de complexidade (por exemplo, novos cúspides). Em outras palavras, eles estão dizendo que é fácil de quebrar alguma coisa, mas é difícil fazer surgir algo novo. Segundo os autores, para ocorrer um aumento substancial da complexidade exige-se mutações simultâneas em várias vias de sinalização (ou várias mutações em uma única via). Este é exatamente o argumento pró-ID que Michael Behe tem dito nos últimos anos. Em suma, é muito improvável ocorrer uma coordenação de múltiplas mutações aleatórias.

DINES et al. (2014) neste estudo desvenda o paradigma dos órgãos vestigiais relativos às patas da baleia. O darwinismo ensina que a vida terrestre surgiu a partir de vertebrados que deixaram o ambiente aquático para viver em terra firme. Eles também ensinam que alguns desses animais resolveram voltar a viver na água (250 milhões de anos depois de terem saído de lá)! Entre esses supostos animais que voltaram a viver em ambientes aquáticos estariam os supostos ancestrais da baleia. A grande 'prova' apresentada pelos discípulos de Darwin são alguns ossos encontrados no corpo da baleia que parecem ser o que sobrou das patas primitivas de algum ancestral dela. Esses ossos, segundo os evolucionistas, não possuem função alguma, e por isso são 'órgãos vestigiais', ou seja, são vestígios evolutivos que 'comprovam' o passado terrestre dos ancestrais da baleia. Assim como aconteceu com outros supostos ‘órgão vestigiais’, a ciência também derrubou mais essa ‘evidência’ darwinista. Este artigo indica que esses ossos pélvicos nada têm a ver com patas primitivas, mas possuem a função de apoiar os músculos que controlam o pênis da baleia. Ou seja, os tais ossos possuem funções reprodutoras, e não locomotoras.

TRAVESET et al., (2015) demonstraram a capacidade adaptativa de espécies como os tentilhões. Os mesmos tentilhões nas ilhas Galápagos que há décadas vem sendo declarados como exemplos decisivamente poderosos da teoria da evolução. As várias espécies desse pássaro têm, sim, capacidades de adaptações fantásticas, mas não é fato o surgimento de novas espécies a partir destas que ocorre por meio de sucessivas mutações acumuladas e selecionadas naturalmente. Em vez disso, os autores observaram que há uma mudança rápida entre modelos pré-existentes, e ativados por mecanismos também pré-existentes. Isto é, as aves são rápidas em se adaptar, mas elas estão simplesmente seguindo o ambiente e a oferta de alimentos. Devido à escassez de comida (insetos) nas ilhas, os tentilhões são obrigados a alargar (mudar) os seus hábitos alimentares. Eles exploram os recursos florais e agem como polinizadores potenciais em todo o arquipélago, tornando mais generalizada a sua rede de contatos pássaro-flor do que os seus homólogos presentes no continente. O resultado disto é a sua flexibilidade e adaptabilidade. Assim, a partir deste estudo é possível perceber que a adaptação (micro evolução) não está relacionada à evolução em grande escala (surgimento de novas espécies).


Biologia Vegetal

LÖNNIG (2004) argumenta que a Biologia apresenta inúmeras invariantes - aspectos do mundo biológico que não mudam ao longo do tempo. Para o autor, embora haja uma enorme quantidade de fluxo gênico em plantas e animais, os processos genéticos básicos e principais características moleculares são pensados para terem resistido inalterados por mais de três bilhões de anos e meio, bem como os mecanismos moleculares da ontogênese animal que supostamente têm sido constantes por mais de um bilhão de anos. Além disso, o registro fóssil mostra um padrão regular de aparições abruptas de novas formas de vida (em vez de sua chegada por inúmeros pequenos passos por modelos darwinianos); em muitos casos, ocorreu também um desaparecimento igualmente abrupto das principais formas de vida. Tais invariantes, no entanto, são difíceis de conciliar com genomas dinâmicos à luz da teoria da evolução convencional. Neste estudo Lönnig emprega os conceitos de concepção teórica de complexidade irredutível (desenvolvida por Michael Behe) e complexidade especificada (desenvolvida por William Dembski) para elucidar essas invariantes, respondendo a elas por meio da hipótese de design

LÖNNIG et al. (2007) procuram traçar a história evolutiva de duas plantas com flores (angiosperma) que os biólogos evolucionistas acreditam estar intimamente relacionadas. Os autores tentaram usar experimentos de mutagênese para fazer com que as plantas revertam traços para um estado mais "primitivo", mas descobriu-se que tais experimentos de mutagênese básicos não foram capazes de reverter a taxonomia para o "estado primitivo". Os autores têm uma explicação para suas observações, a qual explica a lei da longa evolução, que é compatível com os princípios básicos do design inteligente: "uma vez que surgem novos personagens, e não por adições simples, mas pela integração de redes complexas de funções de genes que tornam muitos sistemas irredutivelmente complexos, esses sistemas não podem  de acordo com a lei de Dollo  simplesmente reverter para o estado original sem destruir inteiramente o padrão de integração garantindo a sobrevivência de uma espécie. Eles concluem que, “para o aumento dessa taxonomia, bem como para a criação de sistemas irredutivelmente complexos, o debate continuará se as mutações e seleção por si só forem suficientes para produzir todas as novas funções genéticas e inovações necessárias para o citoplasma, membranas, e parede celular".

LÖNNIG (2010) em seu estudo original sobre mutagênese compreendendo 240.000 plantas cita positivamente os inteligentistas Michael Behe, William Dembski, Jonathan Wells, e Stephen Meyer. Lönnig investigou a origem de certas características de plantas com flores, ou angiospermas. Ele levantou algumas questões como o do por que - mesmo após a indução de literalmente bilhões de mutações induzidas e muitos rearranjos cromossômicos -, todos os importantes programas de melhoramento genético chegaram ao fim no mundo ocidental, em vez de provocar uma revolução no melhoramento de plantas, seja por sucessivas rodadas de "micro mutações" seletivas (seleção cumulativa no sentido da síntese moderna), ou por "grandes mutações". Outro questionamento é o do por que a lei de variação contínua é infinitamente corroborada pela quase infinita repetição dos espectros de fenótipos mutantes em qualquer nova extensa mutagênese em vez de produzir regularmente uma gama de novas espécies sistemáticas.

Nesta pesquisa, ele foca na origem de uma determinada característica encontrada em algumas angiospermas, onde sépalas formam um abrigo para o desenvolvimento da fruta chamada síndrome do cálice inflado (SCI). De acordo com Lönnig, dados filogenéticos indicam que sob uma perspectiva neodarwinista, essa característica foi perdida em múltiplas linhagens ou evoluíram independentemente várias vezes. Se o traço evoluiu várias vezes de forma independente, então por que tantas plantas ainda carecem de um abrigo de proteção? Depois de notar que alguns defensores do neodarwinismo fazem apelos irrefutáveis relativos a desconhecidas vantagens seletivas, ele considera que esta infinidade de explicações não testáveis, em sua maioria, pode colocar a teoria fora da ciência.

No entanto, existe outra possibilidade conhecida como TDI. Em contraste com o neodarwinismo, Lönnig registra que a visão baseada em DI pode "ser falsificada para provar que a probabilidade de formar uma SCI por processos naturais é alta, que complexidade especificada é baixa e, finalmente, gerando uma SCI por mutações aleatórias em uma espécie na qual não exibe nenhuma”. Lönnig narra as muitas frases darwinianas usadas para explicar que sua teoria da evolução requer "inúmeras pequenas variações", e argumenta que a SCI não poderia evoluir de uma forma tão gradual. Depois de analisar os vários passos complexos envolvidos na formação de uma SCI, ele afirma que "parece estar de acordo com estudos de Behe (2007): parece ser muito improvável que as teorias evolucionistas atuais como a síntese moderna (evolução contínua) ou a teoria do monstro esperançoso podesse explicar satisfatoriamente a origem da SCI".


Paleobiologia

SCHWEITZER e WITTMEYER (2005) publicaram um artigo que desafia as evidências de uma cronologia que infere a 65 milhões anos de idade a extinção dos dinossauros. Os autores resolveram quebrar um fêmur de Tyrannosaurus rex, isso mesmo, quebrar um precioso fóssil, ainda que com certa relutância, para estudá-lo por dentro e procurar tecidos moles preservados. Para tanto, eles usaram alguns ossos isolados de um espécime procedente da Formação Hell Creek, em Montana (Estados Unidos), e obtiveram certo sucesso. Eles descobriram filamentos flexíveis e transparentes que se assemelham a vasos sanguíneos (mantêm uma elasticidade, transparentes e são ocos). Dentro desses supostos vasos sanguíneos havia vestígios do que parecia ser células vermelhas do sangue; e outras que pareciam osteócitos, células que constroem e mantêm o osso. Segundo os autores, essas estruturas se assemelham com os da avestruz atual e o processo que os preservou é diferente da fossilização comum, um meio desconhecido de preservação, que ainda faz os pesquisadores pensar duas vezes antes de dar um palpite a respeito. Mesmo que o material esteja preservado (confirmado pela elasticidade), apenas as proteínas não poderão ser utilizadas para dar detalhes do DNA do animal, mas pelo menos mostra que os Tyrannosaurus rex são próximos das aves atuais. Em 2007 tentaram camuflar a descoberta dizendo que a preservação foi devido ao ferro. Segundo os negacionistas, o ferro e outros metais poderiam desencadear a formação de radicais livres que, por sua vez, induziriam a formação de certos polímeros e facilitariam a conservação dos restos celulares. Além disso, em 2008, outros cientistas tentaram explicar a conservação do tecido mole dizendo que é um produto da ação de bactérias (biofilmes bacterianos), sugerido por análise espectroscópica, que não estariam relacionadas a qualquer estrutura biológica do animal.

SCHWEITZER et al. (2009) identificaram sinais de vasos sanguíneos e colágeno por meio de uma análise feita em um fêmur de Hadrosaur B. canadensis, o dinossauro bico-de-pato, da espécie Brachylophosaurus canadensis, um fóssil de 80 milhões de anos, encontrado na formação do rio Judith, um sítio paleontológico no estado de Montana, EUA. Em vez de escavar o fóssil no local, os cientistas removeram a peça junto com a camada de arenito que a envolvia. O bloco foi selado e transportado para o laboratório a fim de evitar uma contaminação e degradação do material, diante das críticas de sua pesquisa prévia. Os pesquisadores de cada grupo envolvido usaram análises independentes e distintas como microscopia de tunelamento de elétrons para examinar a aparência e a estrutura dos tecidos, e espectrometria de massa e testes de ligação de anticorpos para identificar proteínas. Os resultados mostraram evidências de colágeno, bem como de laminina e elastina, duas proteínas encontradas em vasos sanguíneos. Observaram também que as sequências de aminoácidos do colágeno são semelhantes às da proteína dos tecidos conectivos de aves. No entanto, evidências científicas disponíveis como as de Nielsen-Marsh (2002) indicam que biomoléculas em restos fósseis não sobrevivem 80 milhões de anos. O colágeno não deveria aguentar num organismo fóssil por mais de 2,7 milhões de anos, na melhor das hipóteses.

PETERSON, DIETRICH e MCPEEK (2009) admitem a falta de uma "base materialista" - isto é, uma explicação materialista plausível - da explosão cambriana. De acordo com eles “a elucidação da base materialista da explosão cambriana torna-se mais evasiva a cada vez que sabemos mais sobre o evento em si, e não pode ser explicado pela extinção do acoplamento de intermediários, com longos períodos de tempo geológico, apesar das afirmações contrárias de alguns modernos neodarwinistas”. Os autores não dão nenhuma indicação de que eles próprios apoiam o design inteligente (DI), e parece que eles ainda estão esperançosos por uma explicação "materialista" para a explosão cambriana, mas mesmo assim dão um aceno espirituoso para algumas observações e argumentos apresentados pelos proponentes do DI.

ARMITAGE e ANDERSON (2013) encontraram tecidos fibrilares moles obtidos da região supraorbital de um chifre de Triceratops horridus coletados na Formação Hell Creek, em Montana, EUA. O tecido mole estava presente no osso pré e pós-descalcificado. Foram retiradas amostras da matriz óssea lamelar onde foram encontradas microestruturas parecidas com osteócitos. Os osteócitos são células derivadas dos osteoblastos, elas se diferenciaram e preenchem essa estrutura lamelar compreendendo diversas funções histológicas, como por exemplo, remodelação do esqueleto ou mesmo crescimento ósseo. Os autores notaram que alguns osteócitos apresentavam extensões filipodiais e, segundo ele, não havia nenhuma evidência de permineralização ou cristalização. Mas o que isso significa? Isso quer dizer que o material ósseo conserva proteínas ativas e DNA. Ou seja, ele não foi degradado e nem passou por processo de fossilização. Teoricamente, o material continua ileso, integro, desde a morte do animal. Este é um dos poucos e raros casos em que material biológico é preservado. Após a publicação deste artigo, Mark Armitage foi demitido da Universidade Estadual da Califórnia com a justificativa de que o autor do artigo estava pregando o criacionismo.


Biologia computacional

AXE, DIXON e LU (2008) afirmam que as simulações computacionais de evolução, tal como o “Avida” têm sido amplamente apontado como tendo refutado o DI. Essas simulações são modelos de estrutura utilizados em estudos de dobramento de proteínas. Mas, um exame minucioso destas simulações revela que eles não modelam verdadeiros processos darwinianos, porque eles são essencialmente pré-programados para evoluir sistemas complexos. Esses modelos incorporam sequências e estruturas reais (se bem que não-biológicos), e não incorporam nenhuma função real - contando apenas com critérios estruturais arbitrários em grande parte, como um proxy para a função. Os autores pró-ID, então, geram um conjunto de amostras de proteínas de vetores homólogos pela evolução de linhagens sucessivas a partir de um gene de ancestralidade comum. Estes homólogos mostram divergência na sequência e estrutura que se assemelham às de homólogos naturais em muitos aspectos, o que sugere que o sistema pode ser suficiente para comparação informativa de vida para a biologia. Em outras palavras, os autores apresentaram neste estudo uma simulação de computador, o chamado “Stylus”, que corrige os tais defeitos modelando a evolução darwiniana de forma biologicamente precisa, superior à utilizada por outras simulações evolutivas como o “Avida”.

YAN et al. (2010) compararam o genoma da bactéria E. coli com a arquitetura feita pelo homem no Sistema Operacional (SO) do Linux. A estreita semelhança entre SO de um computador e a forma como o genoma controla o funcionamento da célula é provocativa. Os autores não só ofereceram uma visão fundamental em como os genomas funcionam, mas contribuíram para o peso da evidência de um design inteligente. Genes expressos da E.coli foram considerados análogos aos chamados programas de computador no SO do Linux. Os pesquisadores descobriram que ambos os sistemas biológicos e de computador tiveram a marca de princípios de design, com três diferentes níveis de hierarquia reguladora: 1) reguladores mestres; 2) gerentes de nível médio; e 3) genes/programas de nível inferior. O genoma de E. coli foi considerado muito mais simplificado, eficiente, e condensado no seu processamento de informação. Por outro lado, o sistema de computador de origem humana continha uma maior quantidade do chamado código, produzindo uma quantidade menor de resultados finais. O SO do Linux foi pontuado como gerentes de nível médio – parecidos com outros sistemas ineficientes feitos pelo homem.

A equipe de cientistas da computação descobriu que a relação entre os SO do genoma e do computador vão além de ser uma mera analogia, possuem uma correspondência exata. Na presença de uma mente inteligente, módulos de um computador podem ser modificados mesmo que estejam atrelados a outros, pois podem ser encaixados para que tudo funcione, daí a assinatura do sistema operacional. Já uma bactéria que estivesse sendo modificada ao acaso e selecionada, precisaria funcionar em cada etapa e, por isso, possui um sistema irredutivelmente complexo que não permite ser modificado da mesma forma. Conclui-se que as teorias evolutivas têm pouco poder preditivo quando aplicada a sistemas biológicos reais. No entanto, a pesquisa que se utiliza de princípios baseados no design, mesmo com uma bactéria aparentemente "simples", conseguem mostrar que os sistemas celulares e genômicos não são apenas muito melhor explicados pela engenharia otimizada, mas seus sistemas excedem em muito as capacidades do melhor gênio humano, estas obras de engenharia evidenciam uma mente inteligente.

ABEL (2012), um biólogo protocibernético, perguntou: ‘O que é que distingue a vida de entidades não-vivos?’ O autor tenta responder a essa pergunta, observando que a vida segue milhares de objetivos biofuncionais, enquanto nem a psicodinâmica, nem a evolução, perseguem objetivos. É possível que a evolução não dirigida e causas estritamente materiais produzam processos propositais de vida? Para o autor, a resposta é não! O artigo explica que os objetivos da vida incluem o uso de ‘sistemas de símbolos’ para manter a homeostase longe do equilíbrio nos ambientes mais inóspitos, mecanismos de feedback positivo e negativo, prevenção e correção de seus próprios erros, e organização de seus componentes em sistemas funcionais sustentados. Mas, o autor observa que a integração e regulação de vias bioquímicas e ciclos no metabolismo homeostático é controlado por meio de programação, não apenas da psicodinâmica. Esta programação é chamada de ‘cibernética’. Para o autor, o controle cibernético flui do mundo não físico do formalismo para o mundo físico através da instanciação de escolhas propositais. O autor conclui que a própria biologia molecular está programada, processada algoritmicamente, e propositadamente regulada para alcançar de forma mais integrada a biofunção formal que o ser humano levianamente chama de ‘metabolismo’ e que existe mais vida para além da química. Para o autor, todo conhecimento da vida é cibernético, portanto, o controle é a escolha de contingência e formal, não psicodinâmica.

REEVES, GAUGER e AXE (2014) examinaram nove enzimas da mesma família GABA-aminotransferase (GAT). Eles procuraram determinar se essas enzimas podiam ser convertidas para executar a função de outra enzima chamada 8-amino-7-oxononanoate sintase (BIOF 2), através de uma única mutação. Eles testaram proteínas que estão mais perto de BIOF 2. Mas, todas as proteínas estudadas são da mesma família, e acredita-se que estejam estreitamente relacionadas. Eles criaram bibliotecas de mutação com cada única mutação possível naquelas nove enzimas. Nenhuma função de BIOF 2 já foi detectada. A conclusão é de que as mutações individuais não podem converter-se em qualquer um dos outros oito membros da família GAT, apesar de o fato de todas estas enzimas serem consideradas como parentes próximos evolutivos. Constataram que seria necessário pelo menos duas mutações para converter os candidatos mais prováveis de cooptação nesta família de enzimas para funcionar como BIOF 2 . Segundo eles, a matemática diz que levaria cerca de 10 15 anos para as mutações necessárias a fim de conseguir cooptar uma proteína que funcione como BIOF 2, ou seja, 100.000 vezes mais do que a idade da Terra tornando-se irrealista. Considerando isso, juntamente com todo o corpo de evidências sobre conversões enzimáticas, eles veem as semelhanças estruturais entre enzimas com funções distintas melhor interpretadas com o apoio dos princípios de design comuns do que histórias evolutivas compartilhadas.

Geologia

LASAGA, HOLLAND e DWYER (1971) demonstraram que se houve uma “sopa primordial”, ela teria sido acompanhada por grandes quantidades de alcatrão — um tipo de “derrame de petróleo primordial”. Este manto oleoso primordial deveria ter deixado uma marca geoquímica de sua existência no registro fóssil. Nenhuma marca com tal característica tem sido encontrada, indicando que, provavelmente, nunca houve uma sopa primordial.

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